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基因组阅读器
Geneious
基因组
设计与分析软件
答:
Geneious是一款强大的
基因组
设计与分析工具,它是一款综合性的生物信息学软件,涵盖了DNA序列、蛋白质分析、系统进化、三维结构、文献等多个领域的数据处理和探索。其功能丰富,包括序列比对、系统发育分析、引物设计、克隆分析,以及利用NCBI和EMBL等数据库的服务。它内置API,支持用户自定义生物信息插件。Gene...
下载的全
基因
过大怎么查看
答:
下载的全基因过大查看方法有:使用
基因组
浏览器,使用基因组分析软件。1、使用基因组浏览器:基因组浏览器是一种专门用于浏览和分析基因组数据的工具,可以用于查看全基因数据。常用的基因组浏览器包括UCSCGenomeBrowser和Ensembl等。可以将下载的全基因数据上传到基因组浏览器中进行浏览和分析。2、使用基因组...
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框(open reading frames, ORFs)是什么?
答:
ORF是分子生物学和生物信息学中的一个基础概念。ORFs的检测是在
基因组
序列中发现特定蛋白质编码基因的重要一步。orf中的o,或者说open,是指完整基因中用于蛋白质翻译的“开放”区域;而rf,也即reading frame,是指双链基因序列翻译至氨基酸时的6种可能性之一。定义1 :一个ORF是指一段能够被3整除的...
2019意犹未尽的
基因组
可视化IGV(一)
答:
因此,
基因组
浏览器是一个非常常用的功能,可以方便我们看看变异信息、可变剪切信息,上下游基因等等特性。目前开发了40多种浏览器,总体上有这么几个特点:针对高通量数据(尤其是为分析变异而测的数据)、对大的bam文件进行可视化、自己电脑上运行保证数据私密性 我们的主要目标是学习IGV,那么 它到底能干什...
反向
基因
启动子怎么找
答:
以下几种办法:1、
基因组
浏览器:可以使用一些基因组浏览器(如UCSC Genome Browser)来查看基因组序列,找到基因末端的DNA序列区域,检查这些区域是否包含反向启动子。在UCSC Genome Browser中,可以使用“Reverse”选项来查看反向序列。2、实验验证:可以使用实验方法来鉴定反向启动子。例如,可以使用5' RACE...
基因组
可视化的实例项目
答:
基于桌面的
基因组
浏览器1.CGView2.Hawkeye3.MapView4.Gaggle5.NCBI Genome Workbench其他基于网络的基因组浏览器1 NCBI Map Viewer2 Ensembl3 UCSC Genome Browser4 UCSC Cancer Genomics Browser5 JBrowse6.UTGB其他基因组可视化相关的软件包1 Circos其他进化树相关的软件包1 treeview2 其他...
自己如何查decipher数据库
答:
有以下多种查看方式:1. Genome browser通过
基因组
浏览器来查看染色体特定位置,特定基因或者cytoband区域的变异分布情况。2. Phenotype browser,可以查看各种表型对应的信息。3. Genes,以基因为单位,展示了与疾病表型相关的基因组变异所在的基因。4. CNV Syndromes,展示了与发育障碍综合征相关的CNV变异。...
国际著名的三大蛋白质数据库
答:
瑞典Knut&Alice Wallenberg基金会利用免疫组化技术,检查每一种蛋白质在人类48种正常组织,20种肿瘤组织,47个细胞系和12种血液细胞内的分布和表达,其结果用至少576张免疫组化染色图表示,并经专业人员校对和标引,保证染色结果具有充分的代表性。3、PhosphoSitePlus数据库 PhosphoSitePlus数据库是一个由...
10X cellranger-atac : 结果文件之bam|Fragments|Peaks
答:
cellranger-atac计数管道输出一个位置排序(position-sorted)和索引的BAM文件。这些文件主要用于BAM可视化工具,如集成
基因组
查看器(Integrated Genome Viewer, IGV)。以下内容假设您基本熟悉BAM格式。更多关于SAM/BAM标准的细节可以在网上找到。每个读取的Chromium细胞条形码和映射信息存储为标签字段:细胞条形码CB...
文献解析|Cell-水稻泛
基因组
揭示“隐藏”的基因组变异
答:
该网络工具集成了
基因组
浏览器和BLAST功能,允许研究人员使用所有高质量的组装序列开展各种分析,且包含一个全面的SNP/Indels目录,包括以前由于SNP检测时因高度重复或非日本晴序列而被过滤掉(或无法检测到)的SNP/Indels,以及这些SNP/Indels的祖先等位基因数据,这将有益于作物研究和育种应用。参考文献:1...
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