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转录组实验步骤及结果
转录组
学分析的
流程
?
答:
下面是一般的
转录组
学分析
流程
:样品收集与处理:首先,从感兴趣的生物体细胞或组织中收集样品,注意采集要符合生物安全和伦理规范。然后,对样品进行预处理,包括细胞破碎、RNA提取和纯化等
步骤
。RNA测量和质检:通过分光光度计或荧光探针等方法,测量样品中的总RNA浓度,并进行质量评估,确保RNA质量良好,...
转录组
数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始测序数据的质量
,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与参考基因组或转录本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
2020年
转录组
文章到底有多难发?一文说明白!
答:
实验结果
:1. 麦二叉蚜采食后小麦
转录组
分析 这部分结果展示比较套路,主要是通过PCA分析看了下样品相关性及处理效应,介绍了一下差异基因总体情况。如下图:2. 差异基因GO分析 作者按上调/下调基因集分别进行GO注释,并按时间点分别论述上调/下调基因集富集情况,如下图:3. 麦二叉蚜采...
干货满满 | “2020年度技术”——空间
转录组
介绍
答:
1. 盛有异戊烷的容器浸没在液氮里预冷15 mim;2. 将新鲜组织擦拭干净,完全浸没于异戊烷中,速冻组织;3. 然后将速冻的组织块放入包埋盒,在干冰上补充OCT 包埋,直到OCT凝固变白。方案B:组织冷冻和包埋同时进行 1. 将新鲜组织擦拭干净,置于培养皿中,加入室温OCT充分润湿;2. 将组织放入包埋盒,...
全
转录组
关联分析TWAS的原理与方法
答:
第一步,基于reference panel来建模,构建SNP和基因表达量之间的关系。reference panel中的样本同时拥有基因分型和表达量的
结果
,根据距离确定基因对应的SNP位点,比如选择基因上下游500kb或者1Mb范围内的SNP位点,拟合这些SNP位点和基因表达量之间的关系。 第二步,用第一步建模的结果来预测另外一个队列...
转录组
测序5-基因差异表达分析
答:
转录组
测序是最常用的组学
实验
,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
转录组
?转录组研究的方法有哪些
答:
(2)主要研究人员就是实践者,强调研究
过程
与行动相结合, 行动研究法可采 取这些
步骤
: a.选择问题 即对学校在教育、教学上存在的问题进行调查分析,对问题作出归纳、分类,形成一定时期内要通过研究解决的问题。教师从众多的问题中概括出具有普遍性和研究价值的问题,通过讨论和交流,初步形成各年级或...
转录组
丨limma差异表达分析,绘制火山图和热图
答:
首先,确保环境准备充足,安装limma及其相关包,如ggVolcano和ggplot2。数据预处理则要求样本信息表包含至少两个生物学重复,以确保
实验
的可靠性和数据的稳定性,而数据格式通常采用TPM(
转录
本碱基对数量)。核心
步骤
:1. 通过广义线性模型,运用limma包进行差异表达分析,其中关键函数包括lmFit、contrasts.fit...
转录组
分析(3) - 质量控制
答:
二代测序平台或多或少都存在一定的测序偏向性,GC含量可以协助我们判断测序
过程
是否足够随机。一般基因组的GC含量有一个理论值,例如人类基因组的GC含量一般在40%左右。因此,如果发现GC含量的图谱明显偏离理论值,说明测序过程存在较高的序列偏向性,
结果
就是基因组中某些特定区域被反复测序的几率变高,...
单细胞核
转录组
测序
答:
因为组织可以直接从冻存状态开始抽核,此状态下细胞
转录
活动已经被抑制并固定,因此不会再发生转录状态改变,
结果
真实性提高。直接对细胞进行机械法或者化学法破碎,不会引入解离偏好性,理论上来讲所有细胞类型都能得到回收,能够获得更加完整和全面的细胞图谱。虽然有一些比较单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单...
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