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转录组数据概述
转录组数据
分析RNA-seq
答:
RNA-seq(RNA测序)是一种先进的转录组研究技术,它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量
。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息,包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程,主要分为以下步骤:1.数据质量控制:检查原始测序数据的质...
转录组
原始
数据
包括什么
答:
转录组原始数据包括递交原始序列
。转录组有两部分数据要递交,首先是拼接的转录组序列,一般递交到tsa上,另一个是fastq的原始测序数据,一般递交到sra上。前两年还有论文只提交tsa不递交原始数据,目前发表的论文基本都要提交。这也是便于其他人可以完全重复你的实验和数据分析的必要要求。简介 GSA(Genome S...
转录组
名词解释
答:
转录组(Transcriptome)是指一个细胞或生物体在特定条件下转录生成的全部RNA序列
,
转录组研究是基因表达和调控研究的重要领域
,对于了解细胞生命活动和基因功能具有重要意义。一、转录组的释义 转录组是研究细胞中所有RNA序列的方法和技术,这些RNA序列是由细胞在特定条件下转录生成的。转录组研究可以帮助我们...
10X空间
转录组数据
分析梳理
答:
首先讨论 ML 和深度学习 (DL) 模型的算法开发,然后讨论用于空间解析
转录组
学(和 scRNAseq
数据
)的常见架构。 原始实验数据通常包含噪声或其他不需要的特征,这对 ML 算法提出了许多挑战 。因此,通常需要仔细预处理数据或依赖特定领域的专业知识,以便将原始数据转换为 ML 模型可以从中学习的某种内部表示。然而, 深度...
转录组
分析1——原始
数据
以及过滤
答:
册为具有一组独特属性的单个BioSample。• SRA实验:SRX ***是特定样品的独特测序文库(SRX384345)• SRA Run:SRR ***或ERR ***(例如:SRR1039508)是链接到给 定测序库(实验)的
数据
文件的清单。🤭我们需要把SRA文件转换为Fastq文件才能进行后续的分析 分割线 ...
转录组
基因组有什么不同特点和作用?
答:
转录组
:转录组是指一个细胞、组织或生物体在某一功能状态下全部表达的基因总和,它代表了每一个基因的身份和表达水平。转录组主要由信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)以及其他非编码RNA组成。基因组:基因组代表了整个细胞或生物体中的全部基因序列,包括所有的编码和非编码区域。基因...
转录组
入门(3):了解fastq测序
数据
答:
首先看下fastq
数据
前几行了解数据大概内容。因为是PE测序,所以两个文件都分别看下 zcat SRR3589959_1.fastq.gz |head -n 8 和 zcat SRR3589959_2.fastq.gz |head -n 8 。可以看出fastq数据每条read的记录由4行组成:其中 HWUSI-EAS100R 设备名 6 flowcell lane(流动槽泳道号)73 ...
转录组数据
中RPKM代表什么
答:
RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写,代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。在衡量基因表达量时,若是单纯以map到的read数来计算基因的表达量,在统计上是不...
转录组
是什么,测序是什么,有什么用?
答:
转录组
(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序...
空间
转录组
第四讲:最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
答:
10x ***空间
转录组
网页版报告模板如下:下面来详细介绍一下每块区域每个指标的含义。Reads***总体情况统计区:Number of Reads***: 样本总的测序reads数,双端测序这个是指一端的reads数,实际上算
数据
量需要用reads 2 读长。Valid Barcodes***: barcode校准后有效的barcode数占总的reads的比例,...
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