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转录组go分析
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GO
和pathway
分析
答:
作者通过功能分析,如
GO分析
(对基因功能进行分类)和pathway分析(研究基因在代谢途径中的作用),将复杂基因组数据简化。在实际操作中,比如使用GCBI平台,通过输入GSE19804数据,进行差异分析(|fold change|>2, P值<0.001, Q值<0.05),可得到2202个差异基因。通过GO分析得到351个GO term,pathway分...
go分析
是分析的差异蛋白还是全蛋白
答:
在某些情况下,研究者可能对整个蛋白质组或转录组的功能分布感兴趣,GO分析可以提供这方面的信息
。所以,GO分析可以用于分析差异蛋白(或基因)也可以用于分析全蛋白(或全基因)。
转录组
分析中
go分析
中的f,p,c什么意思
答:
分别代表功能的不同方面,具体如下:C(cellular component):基因(非)编码产物在亚细胞水平上的定位。F(molecular function):基因产物的分子活性。P(biological process):多个基因产物组成的生物学过程和途径。参考:网页链接
转录组
不求人系列(十三):
GO
、KEGG富集个性化作图
答:
三、上下调同时展示(ggplot2)很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者,我们之前提到metascape可以做到:
转录组
不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因
GO
、KEGG富集
分析
工具 ,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature communicati...
GO
富集
分析
答:
GO
富集是组学数据
分析
常用的手段,通常用来挖掘差异基因中GO term的富集程度。Fisher's exact test是常用的统计检验方法,但这种方法存在明显的缺点。很多公司提供的测序分析结果都普遍使用这样的方法,导致很多后续的分析与实验结果不一致的情况。对于这种情况,目前还有其他算法来弥补这些缺点。(文中例子来源...
单细胞
转录组
基础
分析
七:差异基因富集分析
答:
此前的
分析
我们按
转录
特征把细胞分成了很多类别,例如seurat聚类分析得到的按cluster分类,singleR分析得到的按细胞类型分类,monocle分析得到的按拟时状态(state)分类。不同的细胞类型之间,有哪些表达差异基因呢,这些差异基因有特别的意义吗?基因差异表达分析 差异基因
GO
富集分析 差异基因kegg富集分析 ...
转录
测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,
go
分别是什么意思
答:
Gene Onotology Consortium)开发
GO
来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是GO terms。GO主要包括三个分支: 生物过程(biological processes)、分子功能(molecular function)和细胞组成(cellular components),用于描述基因产物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三种互作关系。
分析
|
GO
富集分析
答:
有一个大概的认识,就是,自己的基因集中某种功能基因的占比要高于这种功能的基因在所有基因中的占比。有很多人解释得更清楚,比如
GO分析
学习笔记 、徐洲更的 基因表达分析(中)- 富集分析 、
转录组
入门(8): 富集分析 。我并不研究模式植物,而且已有的 OrgDb 可能存在版本问题。所以 2.2 ...
转录组
测序后差异表达基因太多?这4招解决你的难题
答:
在进行
转录组
测序后,面对差异表达基因过多或过少的挑战,这里有四个实用策略帮助你解决。首先,对初步筛选的差异表达基因,可根据样品特异性选择合适的DEG检测方法,如DEGseq、DEseq2、EBseq、NOIseq或PoissonDis,调整筛选条件以满足具体需求。其次,进行功能注释,通过
GO
、Pathway
分析
,以及转录因子、蛋白...
转录组
文章 | 非生物胁迫篇
答:
(2)
转录组
学
分析
确定两个品种之间的三类碱反应差异表达基因 ;48个基因在两个品种(CAR)中 普遍诱导 ,574个基因 来自耐受品种(TAR) ,493个基因 来自敏感品种(SAR) 。 (3)
GO
和KEGG分析表明 ,CAR基因主要参与苯丙烷类生物合成、脂质代谢以及DNA复制和修复;TAR基因在代谢途径、次生...
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