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16s测序深度
测序
结果怎么分析
答:
16srRNA的测序结果怎么分析啊?谢谢!!!1、简单地说,做
16S测序
是为了鉴定样本中的微生物(细菌)群组成,找微生物群与疾病或表型的相关性。2、SrRNA基因包括保守区和可变区,保守区反映了物种间的亲缘关系,而可变区则反映了物种间的差异。16SrRNA基因测序一般是利用MiSeq对16SrRNA基因的V3-V4可变区进...
第二章 微生物组数据的结构和特点
答:
首先,在大多数实验中,零可能来自测序伪像和样本之间高度可变的
测序深度
。其次,当测量给定的组件时,也会出现零。例如,当受影响的变量出现概率低且计数总数也相对较低时,分量可能低于检测限值。在数据处理中也会出现零。例如,微生物组数据通常通过将观察到的计数除以reads总数来转换成比例的组成矢量。由于稀有类群的存...
【MAR】JHM∣解读四环素降解菌群在富集过程中的群落演替及降解机制_百 ...
答:
通过
16S
rRNA
测序
,SL和SI群落的结构表现出惊人的相似性,其中Pseudomonas、Sphingobacterium和Achromobacter三个属的细菌被识别为可能的TC降解核心物种。令人瞩目的是,这两个菌群在7天内对50mg/L的TC展现出卓越的降解性能,降解率分别达到82.92%和86.83%,且它们在pH 4-10的宽范围内和中高温度(25-40...
宏基因组
测序
原理?
答:
16S
rDNA基因存在于所有细菌的基因组中,具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区(V1-V9),通过特异性引物对某一段高变区(如V3区)或某几段高变区(如V3-V4区)进行扩增
测序
,然后与数据库比对,可特异性识别细菌种类。二、宏基因组测序原理 将基因组DNA随机打断成若干条500bp的小片段...
扩增子里妥妥的C位——OTU君
答:
在16S中的价值:
16S测序
海洋中的繁星,OTU就像星座,聚类后的OTU不仅简化了物种注释的复杂性,还提升了分析的精确度,剔除了噪声,确保了科研的准确性。 OTU聚类的艺术: OTU聚类方法如Uclust、cd-hit等,如同不同的绘图技法,虽然手法各异,但都致力于揭示微生物世界的内在联系。 更多关于OTU的精...
细菌基因组如何比对?
答:
如果你要做微生物鉴定,你比一比
16s
基因就好,如果你要进行
深度测序
,那么你就全序列比较。软件,我会使用VECTOR NTI 11去进行比较。
什么是扩增子及其应用方向有哪些?
答:
揭秘扩增子:解锁微生物多样性的科学密码及其广泛应用在生物领域,扩增子
测序
技术如同一把精准的解码钥匙,它通过二代测序平台的威力,
深度
挖掘环境样本中潜藏的微生物奥秘。这项技术的核心是选取
16S
rDNA、18S rDNA、ITS或功能基因等特定区域,利用通用引物进行扩增,进而揭示微生物群落的多样性以及它们在环境...
南海北部陆坡神狐海域HS-岩心表层沉积物古菌多样性
答:
摘要:利用分子生物学技术,分析南海北部神狐海域天然气水合物潜力区HS-373PC岩心表层沉积物中古菌多样性,从沉积物中提取总DNA并扩增古菌
16S
rRNA基因序列,对克隆文库进行系统发育分析。结果显示:所有古菌序列均属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota)。其中泉古菌以C3为主要类群,另有少量序列属于marine benthic...
怎么看待湖南师大论文发现转基因导致小肠腺增生的论文?
答:
首先,论文作者在分子生物学基础知识上显得不足。论文中错误地将线粒体12S/
16S
rRNA描述为编码氨基酸的蛋白质,这是基础生物学知识的明显偏差。这种基本功的缺失令人担忧,对实验结果的解读可能存在偏颇。实验设计的缺失 论文在设计对照实验方面显得不足。如果Bt蛋白确实影响肠道细胞,理论上大脑不会受到影响...
焦化废水生化处理细菌种群类别及活性如何进行测定和分析
答:
PCR-DGGE或realtime-PCR,这几个方法侧重点不同,可以获得你关心的种群动态及数量变化;1和2的方法均基于
16S
;3)如果文献中提到微生物有功能基因(你中奖了!),可以利用功能基因进行定量PCR,再结合1-2的结果,你可以写一篇非常漂亮的论文了!仅供参考,希望有帮助!
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