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双端测序数据分析
二代
测序
的
数据
的
分析
——质量控制
答:
因此单端数据只需要用-a参数去掉“ AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC ”就可以了。按照推荐我
双端数据
(Pair-End)的命令如下:其中的参数说明: -a 序列 正向接头序列,单端
测序
只用这个。 -A 序列 反向接头序列,双端情况下设置。 -q 数字 表示最低质量值,在去接头前先将低于...
ATAC-seq
分析
干货-1
答:
随着测序技术的发展,我们ATAC-seq进行的高通量测序的策略一般是PE150(之前大部分为SE50),因此
双端测序
能测的插入片段大约在350bp左右。在这种情况下,我们实际测出的reads会把Tn5酶捕获到的片段测通,为了最大程度的利用
测序数据
,我们在数据清洗过程中一般会用Trim的形式进行过滤,即将reads中判断为...
RNA-Seq
数据
的定量之RPKM和FPKM
答:
那么什么是FPKM呢?先来看一下FPKM的定义:FPKM = Fragments Per Kilobase per Million mapped reads 大家可以比较清楚看出来,RPKM中的R指的是Reads,FPKM中的F是指Fragments,Reads都比较好理解,就是我们的测序短的片段,那么fragment是什么呢?这是以为我们现在测序一般来说都是测
双端测序
(paired-...
标准化单细胞RNA
测序数据
—陷阱和建议
答:
FPKM与RPKM的计算过程相同,它们的区别是:RPKM用于单端测序结果,FPKM用于
双端测序
结果(如图2所示)。因为双端测序中,每一个fragment会包含两个reads,使用FPKM来计算基因的表达丰度时,可以避免把同一个fragment的两个reads计算两次(实际上只需要计算一次)。 单端read与双端read比对到基因组的示意图所示: TPM与RPKM最大...
免疫组库
分析
软件MiXCR的安装和使用
答:
利用analyze amplicon模块与执行下面的命令是等价的 考虑基于5’RACE(一个read覆盖CDR3区域和临近序列,另一个read覆盖V基因的5’UTR和下游序列)实验准备的IGH基因cDNA文库
双端测序
的
数据
处理流程,全部
分析
流程可以通过 analyze amplicon 命令实现 结果文件(analysis.clonotypes.<chains>.txt)包含详细的...
谁了解宏病毒组
测序
方法和原理?
答:
4.核酸质量检测 然后对核酸提取合格的样品采用标准或者微量建库的方法构建200-500bp的小片段文库,并提供文库质检报告,文库质检合格的样品进行
双端
PE150
测序
。流程如下:1.片段化(200-500bp)2.末端修复、接头链接 3.PCR扩增 4.文库质检 5.上机测序 最后再根据获得的
数据
结果进行生物信息
分析
。想了解...
RNA-Seq
分析
|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚?
答:
FPKM和RPKM的定义是相同的,唯一的区别是FPKM适用于
双端测序
文库,而RPKM适用于单端测序文库。FPKM会将配对比对到一个片段(fragment)上的两个reads计算一次,接下来的计算过程跟RPKM一样。下面,终于轮到TPM登场了。虽然同样是标准化测序深度和基因长度,TPM的不同在于它的处理顺序是不同的。即先考虑...
如何使用MACS进行peak calling
答:
如果你的
数据
是SE50或者SE100,为了更准确地找peak,你需要建立双峰模型,你可能要调整 --bw , --mfold , --fix-bimodal , --shift , --extsize 。 但是对于
双端测序
而言,它本身测的就是文库的两端,因此建立模型没有必要,偏倚也没有必要,你 只需要 设置参数 --nomodel 。谨慎...
测序
常用名词的解释整理
答:
利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息
分析
能力,可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。测序名词关系图 什么是fragments fragments就是打成的片段,而测序测的就是这些fragments,测出来的结果就是reads,又可以分为单端侧和
双端
侧,单端测序的话,只是从fragments的一
端测序
,测...
使用trim_galore对
数据
进行质量控制-过滤
答:
写在前面 参考1 参考2 1 Trim Galore 是对 FastQC 和 Cutadapt 的包装。2 trim_galore适用于所有高通量
测序
,包括RRBS(Reduced Representation Bisulfite-Seq ), Illumina、Nextera和smallRNA测序平台的
双端
和单端
数据
。3 主要功能包括两步:第一步 首先去除低质量碱基,然后去除3' 末端的adapter(如果...
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