22问答网
所有问题
当前搜索:
转录组测序数据分析流程
10X空间
转录组数据分析
梳理
答:
空间
转录组
学 (ST) 技术正迅速成为单细胞 RNA
测序
(scRNAseq) 的延伸,具有以单细胞分辨率
分析
基因表达的潜力,同时保持组织内的细胞组成 。同时拥有表达谱和组织组织使研究人员能够更好地了解细胞相互作用和异质性,从而深入了解传统测序技术无法实现的复杂生物
过程
。 ST 技术生成的
数据
本质上是嘈杂的、高维的、稀疏...
转录组测序
5-基因差异表达
分析
答:
转录组测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始
数据
,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集
分析
,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
转录组分析
(3) - 质量控制
答:
一般基因组的GC含量有一个理论值,例如人类基因组的GC含量一般在40%左右。因此,如果发现GC含量的图谱明显偏离理论值,说明
测序过程
存在较高的序列偏向性,结果就是基因组中某些特定区域被反复测序的几率变高,这些区域的测序深度远高于平均测序深度,这将会影响下游的变异检测和CNV
分析
。这个图横轴是read上...
做dna
测序
检测会不会特别麻烦?
答:
比如想要做WES外显子测序、全基因组测序,那么收集样本,试剂盒抽提质检文库构建,送测就可以了。2、如果是想研究
转录组测序
、全转录组测序、miRNA测序,这是抽提RNA,然后再建库就可以了,都是操作相对简单,成本较低的方法。
测序流程
图:样本抽提——文库构建——上机测序——
数据分析
...
转录组测序
是什么意思
答:
转录组测序
是一种高通量测序技术,可以在单个细胞或组织中全面分析并鉴定RNA的类型、数量和序列。这种方法可以揭示基因表达、基因调控、剪切变异等方面的信息,从而帮助我们更深入地了解细胞和组织的生物学功能。转录组测序的实验
流程
包括RNA提取、RNA样品制备、测序、
数据分析
等
步骤
,需要综合运用生物化学、生物...
转录组
入门(3):了解fastq
测序数据
答:
红色为未通过。如图Per base sequence content因为前15个碱基分布异常而未通过检测,可能存在序列污染或者接头没去干净。一般mRNA
测序数据
的碱基分布都是比较均一平行的,而 ChIP-seq、RIP-seq则可能出现比较大的碱基分布偏好 。 根据最后三项检测可以进一步
分析
是否有污染或者没去干净的接头序列存在。
单细胞
分析
方法
答:
每种方法都有各自的优缺点,但一般说来,迄今为止发展起来的所有scrna-seq技术都共享一个共同的工作
流程
:样品制备、单细胞捕获、反转录和扩增、文库制备、
测序
和
分析
[3]。 1、样本制备(分离细胞) 单细胞RNA测序的一般实验工作流程始于将感兴趣的器官或组织解离。充分的样本准备是产生良好的单细胞
转录组数据
的先决...
转录组分析
(7) - 比对
答:
HISAT2利用大量FM索引以覆盖整个基因组,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq
数据分析
工具,它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat2比对有三个主要的
过程
,
转录组
的比对、基因组的比对、剪接比对,双端
测序
的Read首先每端数据要分别单独进行比对...
WGCNA
分析
--提升
转录组测序
文章档次的利器
答:
现在做
转录组测序
,看看差异基因,做做富集
分析
,再讨论下差异基因功能与自己研究性状或处理之间的关系,最后加简单的qPCR验证,这样的
数据
发SCI影响因子越来越低了。必须增加新的分析内容才能有所突破。今天给大家介绍一个能给文章增色的分析内容--基因共表达网络分析(WGCNA),该分析对样品数有一定要求,建议不少于15个,不...
测序
相关知识总结
答:
高通量
测序
技术(High-throughput sequencing,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing,NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的
转录组
和基因组进行细致全貌的
分析
成为...
<涓婁竴椤
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
涓嬩竴椤
灏鹃〉
其他人还搜
生信转录组分析
转录组测序的流程图
转录组数据解读
转录组学分析流程
转录组测序结果怎么分析
转录组数据拿到后怎么分析
生信分析转录组数据
测序获得的数据如何处理
转录组分析