于都县国家税务局机构设置包括多个部门，其中内设机构涵盖行政管理、人事教育、监察、征收管理、税政法规、收入核算、纳税评估和税源管理等关键职能。
内设机构: 办公室负责日常政务，涵盖文件起草、审核、会议组织、文电处理、档案管理、信访工作等，并负责税收宣传和办公自动化推广。人事教育股负责干部任免、教育培训、党务工作等，监察室则负责干部监督和违法违纪案件查处。征收管理股负责税源管理和征收工作，如税法宣传、纳税评估和日常检查。
税政法规股负责税收政策法规的宣传和执行检查，审核优惠政策，处理涉税法律事务。收入核算股则负责税款征收的管理，包括会计、统计和信息数据的分析，以及税款的核算和统计。
评估与管理: 纳税评估科负责纳税评估工作，税源管理科负责税源监控和分类管理，办税服务厅（纳税服务科）提供全面的税务服务，包括税务登记、申报、发票管理等。
事业单位信息中心负责信息数据管理和信息系统建设，维护网络安全，参与软件开发和维护税控器具。直属单位稽查局负责税务稽查工作，确保税收秩序。
下属机构税务分局（如利村、银坑、黄麟分局）负责税源管理和税款征收，通过监控分析，及时发现并处理税收违法行为。