1、培养方向不同
根据我国的有关规定，科学硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
2、招生条件不同
专业硕士要求报考者有一定年限的工作经历，而科学硕士则不需要。绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。
3、招生考试不同
科学硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择。
4、学习方式不同
科学硕士： 全日制学习。一般为3年。专业硕士： 半脱产，学制2－3年。
5、学习费用不同
科学硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士 生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士 生须缴纳学费，一般为8000元/年，不同专业有所不同。
扩展资料：
因人而异：选择“学硕”还是“专硕”？
近年来本科生的就业形势相对严峻，于是很多本科毕业生选择了考研。以前很多考生认为学术型硕士学制长、“含金量”高，所以报考人数一直高居不下。
最近两年，不少高校专业型硕士和学术型硕士就业难分伯仲，甚至专业硕士的就业前景更被看好，因此很多报考者在研究生类型的选择上感到十分纠结。
有关专家建议考生，如果未来不想从事科学研究，尽量不要选择学术型硕士。相反，那些实践能力较差的学生，也尽量不要选择专业型硕士。
考生报考时不仅要考虑就业问题，还应该考虑自己未来的发展。
专硕vs学硕：门槛低学制短
2009年，教育部作出硕士研究生主要面向应用的决定，开始扩招全日制专业型硕士，增加硕士专业学位授权点。这被视为高等教育应对市场需求作出的重要调整。此后，各高校一方面缩减学术型硕士招生规模，另一方面大幅扩招专业型硕士。
除了考试难度稍低，专硕学制短、就业好也是近年来报考继续升温的主要原因。专硕的学制普遍比学硕少一年，学习过程中也更偏于实际应用，而且现在专硕就业前景一点儿也不比学硕差。