自从2005年454 Life Sciences公司（2007年该公司被Roche正式收购）推出了454 FLX焦磷酸测序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以来，因为他们的拳头产品毛细管阵列电泳测序仪系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了两个强有力的竞争对手，曾推出过3730xl DNA测序仪（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）这家一直占据着测序市场最大份额的公司的领先地位就开始动摇了，一个就是罗氏公司(Roche)的454 测序仪(Roch GS FLX sequencer)，，另一个就是2006年美国Illumina公司推出的Solexa基因组分析平台（Genome Analyzer platform），为此，2007年ABI公司推出了自主研发的SOLiD 测序仪(ABI SOLiD sequencer)。这三个测序平台即为目前高通量测序平台的代表。（见表一） 公司名称 技术原理 技术开发者 商业模式 Apply Biosystems(ABI) 基于磁珠的大规模并行克隆连接DNA测序法 美国Agencourt私人基因组学公司（APG） 上市公司：销售设备和试剂获取利润 Illumina 合成测序法 英国Solexa公司首席科学家David Bentley 上市公司：销售设备和试剂获取利润 Roche 大规模并行焦磷酸合成测序法 美国454 Life Sciences公司的创始人Jonathan Rothberg 上市公司：销售设备和试剂获取利润，该产品已经于2013年停产。 Helicos 大规模并行单分子合成测序法 美国斯坦福大学生物工程学家Stephen Quake 上市公司：2007年5月首次公开募股（IPO）（P.S.由于该平台准确率太低等原因，该公司已于2012年宣告破产） Complete Genomics DNA纳米阵列与组合探针锚定连接测序法 美国Complete Genomics公司首席科学家radoje drmanac 私人公司：投资额为4650万美元，该公司于2013年被华大基因收购。 表一：主流测序平台一览
Roche 454焦磷酸测序
（pyrophosphate sequencing）
Illumina Solexa 合成测序
（sequence by synthesis）
Illumina Genome AnalyzerIIx测序原理
Illumina公司的新一代测序仪Hiseq 2000和Hiseq 2500具有高准确性，高通量，高灵敏度，和低运行成本等突出优势，可以同时完成传统基因组学研究（测序和注释）以及功能基因组学 （基因表达及调控，基因功能，蛋白/核酸相互作用）研究。Hiseq是一种基于单分子簇的边合成边测序技术，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对待测的模板DNA进行测序。
ABI SOLiD连接法测序
（sequence by ligation）
