微生物利用秸秆饲料中的糖类作为底物，并将它们转化为有机酸类的过程。秸秆经有氧发酵后，氧气被消耗尽，需氧微生物不能存活。这时厌氧性微生物开始活动。它们在厌氧条件下，不能将糖类底物彻底转化成水和二氧化碳，只能分解为各种有机酸类，包括已酸、丙酸、乳酸、丁酸等。这些有机酸在秸秆饲料中发生电离，形成大量的氢离子，使秸秆饲料酸化，pH值下降。当pH值下降到4．5—5．0时，酸性又抑制了各种微生物的活动，从而使微生物活动减慢，而形成良好的秸秆微贮饲料。
以发酵10吨小麦秸秆为例的发酵过程： 第一步，将5公斤红糖用10公斤水烧开，然后将烧开的红糖水加入剩下的40公斤水中。然后将农富康秸秆发酵剂5袋，全部导入水中，搅拌均匀，密封发酵3-5天。闻出酸香味道即可。
第二步，将发酵出来的秸秆发酵剂稀释后和500公斤麦麸（或玉米面、米糠）拌匀，备用。 如果是喂猪、鸡、鸭、鹅等动物，应将小麦秸秆粉碎后发酵；如果是牛、羊等动物，可以将小麦秸秆截碎1-3厘米左右。
农富康秸秆发酵剂发酵小麦秸秆的操作方法很简单，只需将上述第二步拌好的麦麸（玉米面、米糠）与所要发酵的小麦秸秆均匀拌匀即可，拌匀后密封起来，比如量少用户可使用塑料袋将拌好的秸秆装起来发酵、量大的用户可自建发酵池，将秸秆堆积后盖上塑料布密封。
使用农富康秸秆发酵剂发酵小麦秸秆一般只需5-7天即可食用，如需长期保存，请严格密封、一般情况下可保存10-15个月。
发酵后的小麦秸秆柔软且具有酸香味道、适口性好，动物喜食，且发酵过程可杀死秸秆中的有害病菌，促进动物对饲料的消化吸收，起到防病、促长的作用，是各级政府大力推广的秸秆再利用技术。 小麦秸秆饲料的饲喂原则是由少到多逐量添加，一般情况下，猪、鸡、鸭、鹅由百分之10开始最高可添加到60%；牛、养等动物可从30%开始，最高可全部饲喂发酵后的小麦秸秆。
小麦秸秆发酵腐熟有机肥方法：
发酵有机肥为降低成本，可用锯末等廉价物料代替麦麸或者玉米面、米糠搅拌秸秆发酵液。
操作方法与上述发酵饲料的方法差不多，只需将用锯末拌好的秸秆发酵剂与小麦秸秆拌匀即可。区别是，小麦秸秆发酵有机肥为有氧发酵，发酵过程只需堆积起来即可，不必密封。发酵过程需要翻堆2-3次，发酵时间为10-15天。
