MBA课程在上海财经大学商学院中占有重要地位，它是专为培养中高级职业经理人员而设计的硕士学位课程，英文全称为Master of Business Administration。该项目以国际化的教学模式和顶尖师资力量为特色，遵循国际标准，注重培养具有创新精神的金融领域管理和精通金融财务的企业管理人才。通过系统教育，学生将建立起坚实的金融理论基础，培养前瞻的管理思维和实用的管理技能。
国际MBA项目是上海财经大学的早期学位授予项目之一，自1996年起持续招生。该项目旨在培养具有国际视野和商业道德的领导者，他们能够把握全球经济发展趋势，参与国际竞争，为中国乃至世界经济的发展贡献力量。该项目强调决策能力和创新能力的培养。
EMBA项目则聚焦于培养具备全球化战略眼光和国家责任感的企业家和高级管理者，旨在推动上海制造业和现代服务业发展，助力上海“四个中心”建设。上海财经大学全球EMBA项目与剑桥大学Judge商学院和加州大学伯克利分校Haas商学院合作，旨在培养一流的银行家、实业家和职业经理人。
为适应上海亚洲金融中心的建设需求，上海财经大学商学院在2009年底设立了EDP中心，专注于高层管理培训。该中心提供财务、金融、政府和高级经理人员等领域的顶尖培训，凭借全球化的视野、灵活的课程设置和高质量的服务，深受企业和社会组织的青睐。
上海财经大学的商学教育始于1917年南京高等师范学校创办的商科，著名社会活动家、爱国民主人士杨杏佛任商科主任。后商科迁址上海，并于1921年成立上海商科大学，成为中国教育史上最早的商科大学，著名教育家郭秉文任校长，著名经济学家马寅初任教务主任。孙铮现任上海财经大学副校长、商学院院长、教授、博士生导师。