80%，其余 11%为高温铝合金D-19 和 8%的钛合金。除机翼采用焊接的整体油箱外，机身的焊接整体油箱结构占其容积的 70%，机体上的焊缝长达 4,000 米，焊点多达 140 万个。整体油箱结构使飞机的总贮油量高达 14.5 吨。侦察型还采用垂尾油箱，使油量增加 574 千克。
发动机在某些工作状态下，个别部件的温度超过 1,000℃，为防止热传入机体，发动机舱用镀银的防热隔板包住。镀层厚 30 微米，镀层吸热系数为 0.03~0.05，每架飞机耗银 5 千克。所吸的 5%的热量又借助于玻璃纤维隔热毯防止传给机身油箱。
驾驶舱和设备舱采用通风冷却。飞行员借专用的空气喷头提供的冷却空气降温，风挡由导流环喷出的空气冷却。虽然舱内温度仍较高，但飞行员认为可以接受，只是必须带手套才能工作。
冷却系统的设计功率为 18~24 千瓦。从发动机压气机引出的 700℃的空气，通过进气道内的空气-空气热交换器、燃油系统的热交换器（用耐高温燃油 T-6 作热沉）和空气-蒸气热交换器（蒸发水-甲醇混合液）后，至设备舱入口处时温度已降为 -20℃，从而使舱内工作温度保持在 50~70℃。 米格-25 的气动布局与以前的米格式飞机的传统风格有较大差别，采用中等后掠上单翼、两侧进气、双发、双垂尾布局型式。这是该设计局与苏联中央空气流体动力学研究院共同的研究成果。
机翼的后掠角为42°，下反角 5°，相对厚度 4%，展弦比 3.2，翼面积 61.9 米2。翼面积满足在 20,000 米高空作巡航飞行的要求，而小展弦比和中等后掠角则为了保证机翼的刚度。原型机的机翼原来无下反，试飞后发现机翼有严重上反效应，遂改用 5° 下反角。 由于布局方案的尾臂很短，为保证航向稳定性采用双垂尾和尾部腹鳍。经过试飞多次修改后，加大了垂尾面积，减小了腹鳍，克服了原尾腹鳍过大对着陆的不利影响。
飞机采用矩形二元进气道，用水平调节斜板进行调节。这是米格式飞机首次采用两侧进气布局，但尚未解决在土质跑道上起降时外物进入的问题。
在一次高速飞行中偏转副翼时因机翼严重扭转而出现副翼反效，飞机坠毁，试飞员丧生。查明原因后规定在高速下不用副翼，改用差动平尾进行操纵。但因全动平尾的转轴位置安排不当，在个别飞行状态下助力器的功率不足，再次机毁人亡。经分析后将平尾转轴向前缘移动了 140 毫米。
