四级主任科员和一级科员的区别有：职级高低不同、工资待遇不同、前途发展不同等。
一、职级高低不同
四级主任科员对应的是副科级，一级主任科员对应的是正科级。在职级上是有本质区别的。综合管理类公务员职级序列分为：一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。
二、工资待遇不同
每一级之间的工资待遇都有一定的差距。由副变正，除了工资会上涨之外，车补等津贴补贴也会增加。不管是职务还是职级，肯定是级别越高，待遇越好。
三、前途发展不同
一级主任科员晋升空间大，是晋升四级调研员的必备条件。一级主任科员只要任职满两年，同时有职数名额，就有机会晋升四级调研员，而其他职级要想晋升四调，首先要晋升为一级主任科员。一至四级主任科员需要逐级晋升。
其中晋升四级主任科员需要任一级科员两年以上；晋升三级主任科员需要任四级主任科员两年以上；晋升二级主任科员需要任三级主任科员两年以上；晋升一级主任科员需要任二级主任科员两年以上。但这与科员级的晋升不同，一般很难达到任职年限就晋升，因为有职数的限制，特别是市级以下机关，一至四级主任科员不能超过机关综合管理类公务员的60%。
综合管理类公务员职级序列分为：
一级巡视员、二级巡视员、一级调研员、二级调研员、三级调研员、四级调研员、一级主任科员、二级主任科员、三级主任科员、四级主任科员、一级科员、二级科员。
主任科员是中国公务员职务的一种，属于综合管理类非领导职务序列。主任科员是正科级，属于非领导职务，所以职责略低于科长、乡长、镇长等领导职务的正科级领导职务。职务工资上有区别，实职正科级略高于主任科员。
在县乡等基层，一般是副科级领导干部卸任领导职务的同时，提升为主任科员，然后等待退休。而在省级以上机关，主任科员一般是担任更高级职务之前的一个台阶，在此基础上可以提升为正科级领导职务，也可以提升为副处级职务。提升主任科员，一般要求任副科级职务三年以上。