南宁市第二人民医院设有多个专业科室，为患者提供全面的医疗服务。其中，重点学科包括神经内科、肿瘤内科和心血管内科，这些科室专注于神经系统疾病、肿瘤诊疗以及心脏血管健康。
儿科方面，医院有一病区专门致力于儿童疾病的诊断和治疗，确保孩子们得到专业的照顾。此外，还有骨科一区，专注于骨科手术和康复治疗。胸心外科则负责胸腔和心脏手术，为患者提供心脏和肺部手术服务。
生殖医疗中心则是医院的特色之一，提供生育健康和相关疾病的诊疗服务。神经外科与内科泌尿内科，以及呼吸内科，分别处理神经系统、泌尿系统和呼吸系统疾病的治疗。内五科、内分泌科和消化内科则关注内科疾病的全面管理。
外科系统则涵盖了眼科、口腔科、耳鼻喉科和神经外科，为患者提供眼科手术、牙齿保健和头颈部位的医疗服务。烧伤整形外科致力于烧伤和整形手术，骨科二区与一区则在骨科领域提供专业支持。泌尿外科处理泌尿系统相关的健康问题，而其他科则负责非专门领域的疾病诊治。
预防保健科注重疾病预防和健康教育，急诊科处理突发医疗状况，产科和妇科为妇女健康提供全方位服务，儿科则始终关注儿童的生长发育。荣和社区卫生站提供基础医疗服务，皮肤与性病科室针对皮肤病和性病提供治疗。家庭病床科为患者提供上门医疗服务，医技科包括超声科、心电学诊断科等辅助检查部门。
药剂科负责药品的配制和管理，高压氧科室提供高压氧治疗，放射科则进行影像学检查。这些科室共同构建了南宁市第二人民医院的坚实医疗体系，为市民提供全方位的医疗保障。
南宁市第二人民医院始建于1952年，是一所集医疗、急救、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性医院，1993年起成为广西医科大学第三附属医院；1998年8月起南宁急救医疗中心并入医院，医院现担负着江南区50多万人口的医疗、保健、防疫和南宁市及周围十几个县300多万人口的医疗急救任务。医院是南宁市级首家三级甲等医院，全国百佳医院，全国卫生文明先进集体，全国百姓放心医院，全国卫生文化建设先进单位，全国模范职工之家,全国行业作风建设先进单位。