历史学家分析，其主要原因有三：
1、这是君臣之间十年积怨的总清算：
在封建王朝里，君权和相权是一对相依相克的矛盾。君权过于弱小时，需要强大的相权来支撑;而过于强大的相权，则会矮化皇室，遭到帝王的忌恨。
张居正开始辅佐神宗时，小皇帝年仅十岁，为了稳定政权，神宗母子都对张居正有所倚赖，尊重备至，言听计从。
但是，这位元辅对小皇帝管束过严，干涉过多，在他幼小的心灵里，已经开始了由亲近、尊重向着畏惧、厌恶的方向转变。这一点，过于自信的张先生并没有察觉。
张居正以严师对待学生的态度对待小皇帝，每天布置功课，如果小皇帝没有认真背诵或领会，就会遭到严厉的斥责。
但是，小皇帝逐渐长大了，成人了，开始懂得了皇上的权威和分量了。而张居正仍然把持朝政，作威作福，甚至对他的宫闱生活也说三道四，这使得神宗对张居正的态度向着仇恨方向迅速逆转。
权高震主，是为臣之大忌;张先生却是自鸣自得，浑然不觉。岂知，他所揽之权，就是神宗之皇权;张居正的高大显赫，就反衬出神宗的卑微猥琐;群臣对张居正的恭维，就是对皇上的蔑视。
成长起来的神宗必然要扳倒张居正，夺回皇权，一消这十年的积愤。即使张居正不死，这场君权和相权的斗争也将在短期爆发。
而在封建社会里，权力的天平总是向着君权倾斜，因此，张居正的覆灭和被清算是必然的。
2、这是走出张居正阴影，一展帝王雄威的大决策：
张居正死了，神宗皇帝就可以乾坤独断，一展帝王雄威了。这就是神宗皇帝充分展示他的大度，极尽哀荣地礼送张居正归山的根本原因。
但是神宗皇帝没有料到，张居正虽然走了，却是阴魂不散，自己仍然生活在他的阴影之中。每有诏令，群臣就会观望、比较，假如张先生在，将会怎样决策；
每有行事，神宗皇帝也会自我掂量，假如张先生在，将会怎样评判。张先生的阴影仍然高高地悬立在朝堂之上，俯视着神宗，使他自卑，自疑，猥琐，狼狈不堪。
他的自尊心、虚荣心受到极大的创伤，与此同时，他的逆反心理、仇恨心理也开始极度膨胀。他愤慨，激昂，烈火中烧，不能自已，就像咆哮在火山之下的岩浆，必欲冲破压顶的山石，一吐胸中之块垒而后快。
最初，他用温和的手段割舍他的“大伴”，他感受到了一种无羁无绊的轻松，独来独往的愉悦，以及隐秘于心灵深处的邪恶的复仇的快感。这使他惊奇，震动，也受到启发和诱惑。
于是，他决心粉碎这座高立于庙堂之上的偶像，搬掉压抑在他心灵之中的块垒，扫荡笼罩在他头顶之上的阴影。
3、神宗的贪财好利，也推动了清算的进程：
《明史纪事本末》中记叙了明神宗查抄张居正荆州老宅之前与皇太后的一段对话。
这一年，神宗的同母弟潞王已年满十六岁，该议婚了，可操办婚礼的银子还有一多半没有着落，慈圣皇太后一想到此事，就感到烦心。
神宗听了，满不在乎地说：“这事您别着急，我有办法!现在朝中的这些官儿们都无耻极了，他们一定是看冯公公、张太师权大，把好多钱财珠宝都作为礼物存放在这两家了。”
扩展资料：
张居正任内阁首辅十年，实行一系列改革措施，从军事、政治、经济等方面进行整顿，尤重于经济的改革，企图扭转嘉靖、隆庆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
财政上，清仗田地、推行“一条鞭法”，总括赋、役，皆以银缴，"太仓粟可支十年，周寺积金， 至四百余万"；
军事上，任用戚继光、李成梁等名将镇北边，用凌云翼、殷正茂等平定西南叛乱；吏治上，实行综核名实，采取“考成法”考核各级官吏。
经过这次改革，强化了中央集权的封建国家机器，基本上实现了“法之必行”、“言之必效”，使明政府的财政收入有了显著的增加，社会经济有所恢复和发展。
国库积银达六七百万两之多，储备的粮食多达1300多万石，足够支用十年。比起嘉靖年间国库存粮不够一年用的情况，是一个很大的进步。
这就使得十分腐败的明朝政治，有了转机。
参考资料来源：人民网——张居正死后为何会被抄家:皇帝贪财想从中捞钱