1、主管部门不同：福建师范大学是福建省人民政府与中华人民共和国教育部共建高校；福建师范大学福清分校是福建省教育厅和福建师范大学双重管理的高校，是福建师范大学的重要有机组成部分。
2、师资力量不同：福建师范大学有1800多名专任教师，拥有国际欧亚科学院院士1人、双聘院士3人；福建师范大学福清校区有教职工500多人，每周1、3、5都会派校车前往师大接老师来上课。
3、录取分数不同：福建师范大学福清校区的录取分数线比福建师范大学的录取分数线低。
4、 学科建设不同：福建师范大学福清校区设有经济与管理学院、文化传媒与法律学院、教育学院、外国语学院、体育学院、电子与信息工程学院、海洋与生化工程学院、马克思主义学院等8个二级学院，全日制本科在校生6200多人；
福建师范大学涵盖文、史、哲、理、工、教、经、法、管、农、艺等11个学科门类。拥有国家重点学科1个、省高峰学科8个、高原学科14个，博士后科研流动站19个，博士学位授权一级学科21个，硕士学位授权一级学科34个，硕士专业学位授权点19个。全日制普通本科学生2.3万多人，各类研究生7000多人。
但是福建师范大学福清校区的学生毕业后由福建师范大学统一颁发毕业证书和学位证书，在这一点上与福建师范大学的毕业生没有区别。
扩展资料：
福建师范大学福清校区现有五马山、石竹山2个校区。校园占地面积760多亩，新校区规划用地2119.74亩。设有经济与管理学院、文化传媒与法律学院、教育学院、外国语学院、体育学院、电子与信息工程学院、海洋与生化工程学院、马克思主义学院等8个二级学院，全日制本科在校生6200多人。
学校坚持引进与培养相结合、专职与兼职相结合，着力打造“双师型”教师队伍。现有专任教师360多人，高级职称人员占50%，具有硕士以上学位教师占88%。博士生导师1人，硕士生导师41人。国家“万人计划”领军人才2人，“百千万人才工程”国家级人选1人。
学校主动对接“一带一路”，成立了海外华裔青少年联谊中心，与新西兰、印尼、南非、泰国以及台湾等10多个国（境）外高校及研究机构建立了合作关系，并与台湾高校开展博士联培项目。
参考资料来源：百度百科-福建技术师范学院