农村合作医疗不可以转为医保。
农合和医保是两个不同的国家补助政策，二者面向的是不同的人群，不能相互转移。孩子农村户口时参加的是合作医疗，医保可以等你孩子转为城市户口之后参加。
如果你的女儿在有农村合作医疗期间住院，并且户口已经转为城镇户口，原则上在合作医疗存续当年仍然可以报销。报销时若出现户口问题，可以在派出所等户籍管理部门出具证明，证明你参加农合时是农村户口。这样应该就可以报销了。
各地政策可能有所不同，供参考。
（国家对农村0-14岁儿童四种先心病有特殊政策，你可以去当地农合部门询问下详细情况。）