是全国唯一一所蒙医药中等专业学校，1994年学校被自治区人民政府批准为合格中专学校，1997年在全区17所中专卫校办学水平评估验收中名列第四，1998年经自治区人民政府批准，学校增挂了呼伦贝尔蒙医药成人中专和呼伦贝尔盟蒙医药教育培训中心的牌子，2001年在与内蒙古民族大学联合办学的基础上，又增挂了内蒙古民族大学职业技术学院呼伦贝尔分院的牌子，从而实行一校四牌的特色组合。2004年晋升为自治区级重点中等职业学校，2005年学校获得外国留学生招生资格。
（1976年-1986年） 1975年，经当时呼盟行政公署同意，呼盟卫生学校在海拉尔设立分校，以呼盟卫校名义招收民族班学生，学校以开门办学的形式分别在盟直各医疗卫生单位和旗县医院设点办班授课。1976年盟行政公署正式批准成立呼伦贝尔盟卫生学校海拉尔分校。1977年3月，经海拉尔城建局批准呼盟卫生学校海拉尔分校在现校址建校。1980年4月经呼盟行政公署决定，把呼盟卫校海拉尔分校改建为呼盟民族卫生学校，学校行政上由呼盟行政公署领导，业务上由呼盟卫生处指导。1985年呼盟卫生处决定，将呼盟卫生干部进修学校移交给呼盟民族卫校。这一期为呼伦贝尔蒙医学校的萌芽时期。1980年以前的呼盟卫校海拉尔分校时期，学校仅有1028平方米平房校舍，教职工28名，教师中没有一名大学本科生，没有教学实验室。学校至1986年为呼盟民族卫校的发展时期，学校建筑面积为8654平方米，教职工达123名，其中本科毕业生13名，专科生25名，主治医师3名，但学校没有列入国家教委普通中等专业学校名册。
（1986年-1996年） 1986年8月26日，经自治区人民政府批准，将呼伦贝尔盟民族卫校正式改建为内蒙古呼伦贝尔蒙医学校。原中共中央委员，自治区主席，全国人大常委会副委员长布赫同志为学校题写了校名。内蒙古呼伦贝尔蒙医学校的成立，添补了我区乃至全国无蒙医中等专业学校的空白，同时也为学校注入了新的生机和活力，学校的办学条件逐年得以改善，师资队伍逐年壮大，教学质量逐年提高。1994年自治区人民政府以内政发（94）25号文件批准内蒙古呼伦贝尔蒙医学校为合格中专学校，这一时期学校占地面积27380平方米，建筑面积11897.17平方米，教学使用面积3621平方米，教学设备总价值71万元。学校设有解剖、生理、病理、药理、微生物、化学、护理、蒙药标本室、蒙药方剂等九个标准实验室，专业也由开门办学时期的一两个专业发展到有蒙医士、蒙药士、蒙医护士、蒙西医结合医士、放射医士、助产士、护士、妇幼医士、西医士9个专业，19个教学班，1127名在校生。 学校设有党委、校务委员会。校党委下设工会、团委、妇联、学生会。学校内设办公室、教务科、学生科、财务科、伙食科、总务科、门诊部，普通学科、基础学科、临床学科、蒙医学科、蒙药学科、函授部等职能部门，有教职工167名，其中专任教师68名，本科生15名，副主任医师2名，高级讲师3名，中级职称41名。学校各项工作也取得很大成绩，1993年6月学校跨入盟级文明单位行列，1995年学校被评为全区民族教育先进集体。学校教学、科研、医疗三结合的路子基本确定，课程设置、专业设置已初步成型，学校积极参加社会活动，知名度有了一定的提高，但此时学校还处在C档中专学校行列。
（1996年-2010年） 1996年以后，学校的发展建设进入了一个新时期，此时学校正处在国家从计划经济向市场经济转轨时期，学校的发展面临前所未有的机遇和挑战，但挑战远大于机遇。虽然计划经济时代已有很大发展的蒙医学校，同全区、全国的发展形势相比显得办学条件较差、规模小、底子薄，并且还负债107万余元。面对汹涌的市场大潮，不进则退，怎么办？蒙医学校没有选择退缩和等待，而是激流勇进，要在市场经济的大潮中占有一席之地！面对新的发展形势，学校审时度势，精心策划，确定了自己的发展蓝图，掀起了新的一轮建设高潮—就是以省部级重点中专建设为目标，加强内涵建设为突破口，坚定执着地开始了学校的二次创业。
学校占地面积不足，硬件建设薄弱的问题一直是制约学校发展的最大瓶颈，学校便从改善教职工住房、增加教学使用面积、门诊使用面积、提高后勤保障方面入手，不断加大基础设施建设。 96年新领导班子刚一到任就筹款40余万元，使因拖欠工程款不能入住的2号职工家属楼竣工并投入使用；1998年又筹集资金兴建一栋30户2224平方米的职工住宅楼，基本上解决了教职工住房问题，同时建成451平方米的锅炉房、33平方米的水房，260延长米的采暖地沟，2000年又投入资金20余万元，购入30台新式电脑，使微机室电脑达到了80台。2001年学校又自筹资金320万元征用了盟劳教队居民区用地13220平方米土地，兴建了一栋4300平方米的商贸综合楼，同时建成300米跑道运动场，建成一栋380平方米的蒙药制剂室，一栋160平方米车库，78平方米的门卫收发室，200延长米的铁艺院墙。2002年又投入65万元，拆迁校区内的附属建筑，硬化路面700平方米，建成了校内喷水池，修建草坪1000平方米。在加强基础设施建设的同时又不断提高教学设施建设，1998年为加强实验室建设，提高学生的实践能力，学校投资50万元购置1台多功能显像仪、2台监视器、15台心肺听诊模拟仪，同时购置了586型多媒体电脑50台，建成了电脑语音二位一体标准型现代化微机室。2002年“阳光工程”捐助项目为门诊部争取意大利百胜B超一台，奥地利182血球仪一台；2004年又投入31万元建成学校校园网络。经过全校上下近十年齐心努力，到2004年学校占地面积已达到40600平方米，建筑面积25000平方米，其中教学使用面积11466平方米，有教学楼、宿舍楼、办公楼、礼堂、附属医院综合楼、蒙药制剂室、社区服务站、蒙药材开发种植基地等。校内设教务科等13个职能科室。有解剖、生理、病理、微生物、护理、蒙药标本、蒙药方剂、炮制、化学等15个实验室。
学校配备相当数量的现代化教学设备，电化教学室配有6台29寸彩电、VCD、摄像机、录像机、投影电视等。多媒体语音教室配备120余台686型奔腾2代多功能计算机。建有功能先进的校园网络，图书馆藏书4万5千多册，各种期刊报纸百余种，教工、学生阅览室可容纳170多人。学校固定资产3000万元，其中教学仪器设备总值达500万元。伴随着辛勤的汗水，换来的是一个又一个的丰收成果：1996年学校被国家中医药管理局认定为全国8所重点达标中等中医药学校中的唯一一所民族医药学校；1997年11月10日，在自治区卫生厅组织全区卫生学校评估，蒙医学校以107.78分的好成绩列全盟卫生学校第一名，自治区17所卫生学校中排列第四名；1998年1月20日盟行署命名蒙医学校为盟级卫生先进单位称号；1999年被呼盟委、行署评为教育先进集体；同年被呼盟教育局评为呼伦贝尔盟成人中等专业学校教育科学管理优秀单位；2000年被呼盟委，行署评为民族团结进步模范集体；校党委连续多年被盟直属机关党委评为先进党委；学校连续多年被海拉尔区和奋斗镇党委政府评为综合治理优胜单位；2003年被呼伦贝尔市绿化委员会评为“呼伦贝尔市花园式单位”；2004年4月，经呼伦贝尔市卫生局批准，学校门诊部正式改建为呼伦贝尔蒙医学校附属蒙医医院；2004年10月，在自治区重点中专学校评估中以较好的成绩晋升为省部级重点中专学校；2004年11月，被呼伦贝尔市政府授予定点包扶工作先进集体；2005年学校获得外国留学生招生资格；2006年学校蒙医护理专业被自治区认定为精品专业。 在加强硬件建设的同时又不断加强软件建设，不断引入竞争机制，加强学校内部人事制度改革，对分配制度进行改革，优化办学模式，加强学科建设和专业建设以及教材建设，1997年盟编委核定学校内设机构12个科室、规模为正科级、人员定编158名，实行全额管理，门诊部核定为正科级、编制20名，内设机构自定，规格为股级，经费实行自收自支。2000年7月，学校大力推进人事制度改革，首次进行环节干部竞争上岗，9月份由校长聘任了17名环节干部。学校也首次推行了全员聘任制和结构工资制度，学校管理进一步规范化，制度化；教职工的工作潜能得以进一步发挥出来；学校不断加强专业建设，在巩固蒙医、蒙药、蒙护三个自治区级骨干示范专业的同时，组织教师编写了《蒙医内科学》、《蒙医温病学》等9种全国蒙医药中等专业技术学校统编教材，填补了蒙医教学无中等专业学校教材的空白；不断加大联合办学力度，1998年经自治区人民政府批准，增挂了内蒙古呼伦贝尔蒙医药成人中专、呼伦贝尔盟蒙医药教育培训中心的牌子，2001年与内蒙古民族大学联合办学，又增挂了内蒙古民族大学职业技术学院呼伦贝尔分院的牌子，实行了一校四牌的特色组合。2007年学校教职工人数168人，其中高级职称35人，中级职称38人；专任教师74人，大学本科学历占99%以上，有80%的教师能用蒙汉两种语言授课。 2008年9月，根据呼伦贝尔市人民政府的决定，蒙医学校附属医院的整套人员30余名大夫、护士及100多万元的医疗设备全部划拨给筹建中的呼伦贝尔市蒙医院。
