中国共产主义青年团新沂市委员会的机构设置分为以下几个主要部门：
1. 办公室：作为团市委的核心部门，负责协调日常事务，包括会议组织、文件管理和行政管理工作。其职责包括文电处理、档案管理、资产管理和保密工作，以及协助领导进行组织、宣传和统战等工作。
2. 城工部：专注于企业团和机关事业单位团的工作，推动青年在这些领域的发展和成长。其任务包括评选表彰先进青年和集体，以及指导城区团的基层建设。
3. 青农部：专注于农村团的工作，通过组织活动和培训，支持农村青年经济发展和社区进步，指导农村团的基层建设。
4. 学少部：负责中小学校团的工作，关注青少年的思想动态，开展教育活动和法制宣传教育，同时指导少先队工作，维护少年儿童权益，负责辅导员队伍建设。
领导班子方面，蒋讯迅担任团市委书记，全面主持工作；庄金峰副书记负责办公室和城工部；朱莉副书记负责青农部、学少部（包括未成年人保护和预防青少年违法犯罪工作），同时兼职综治工作；郝景亚副书记负责学少部和“苏北计划”志愿者工作；郭永利任办公室主任，负责办公室和城工部工作；刘晶晶负责青农部、学少部、青联和青商会；孙燕山是新沂市少先队总辅导员，负责全市少先队事务；王婉莹和祁小敏分别负责综治、未保、预防工作和“苏北计划”志愿者工作，同时协助办公室。