中山市盐业总公司的组织机构主要包括五个核心职能部门：办公室、专营部、财务部、党群部以及盐政科。这些部门各司其职，共同支撑起公司的日常运营和管理。
在直属单位方面，中山市盐业配有多个分公司，如：中山市盐业配送中心，负责物资的配送服务；火炬盐业分公司（中山市盐务局火炬分局），小榄盐业分公司（中山市盐务局小榄分局），城区盐业分公司（中山市盐务局城区分局），坦洲盐业分公司（中山市盐务局坦洲分局），以及黄圃盐业分公司（中山市盐务局黄圃分局），这些分公司在各自区域提供盐业服务。
特别值得一提的是，兴中盐业分公司负责的是小工业盐的销售业务，这在公司业务中占据了重要位置。
中山市盐业总公司始创于1954年，是中山市唯一许可经营盐类产品的专营企业，具有独立法人资格，负责辖区内食用碘盐、多品种盐、小工业用盐、农牧渔业用盐及其他用盐的供应工作，系国家“AAA”级食盐批发企业，隶属于广东省盐业集团有限公司。中山市盐务局于2007年11月挂牌成立，是市人民政府的盐业行政主管部门，正处级建制，负责全市盐业行政管理和执法职能工作，隶属于广东省盐务局，局司一套班子、两块牌子、职能分设、合署办公，属垂直管理单位。