1990年10月，合肥科技工业园奠基，拉开了高新区发展的序幕。1991年6月，国务院总理李鹏亲临考察并题写园名，正式命名“合肥科技工业园”。同年3月，首批国家级高新技术开发区名单中，合肥科技工业园赫然在列。1992年7月，更名为“合肥高新技术产业开发区”，国家科委给予了正式认可。
此后，多位党和国家领导人相继视察高新区，如1993年5月的李瑞环、1995年的刘华清、1996年的李鹏、乔石、胡锦涛等，他们的到访体现了国家对高新区的高度重视。1997年9月，合肥高新区成为首批“中国亚太经济合作组织科技工业园区”，国际影响力进一步提升。
江泽民主席于1998年9月亲临并题写区名，1999年6月，高新区被科技部认定为国家技术创新工程区域试点，2000年3月，更是成为首批“高新技术产业开发区高新技术产品出口基地”。在国家火炬计划的表彰中，2003年9月，高新区荣获“先进国家高新技术产业开发区”荣誉。
高层领导的频繁关注与支持为高新区带来了持续的发展动力，如2004年，吴官正、李长春、贾庆林等常委相继来访。同年，合肥国家科技创新试点市示范区开始建设，引进了荣事达中美合资公司和美的荣事达合资公司等重大项目。
接下来的几年，高新区与周边区域合作不断深化，与肥西县的合作项目如火如荼，引进了格力电器、大陆集团等国际知名企业，同时在动漫产业发展和科技创新管理上也取得了突破。2008年，胡锦涛总书记亲自考察高新区，为自主创新之路加油鼓劲，贾庆林主席则在抗击雪灾中表达了深切关怀。
至2009年，合肥高新区再次荣获“全国精神文明建设工作先进单位”称号，国家科技创新型试点市示范区的设立，标志着高新区发展进入新阶段。2010年，科技部的认可为高新区的未来发展注入了更强动力。
合肥高新技术产业开发区1990年10月奠基，1991年3月经国务院批准成为国家级高新区，是合肥市“141城市空间发展战略”西部组团的核心区域，2003年和2008年，合肥高新区两度荣获全国“先进国家高新技术产业开发区”称号；2007年，合肥高新区被认定为国家级动漫产业基地；2008年，合肥高新区被认定为国家软件及服务外包基地；目前，合肥高新区在全国54个高新开发区发展综合排名第14位。 合肥高新区是安徽省最大的高新技术产业化基地，已形成电子信息、光机电一体化、生物工程与新医药以及新材料等四大高新技术产业集群。