耒阳市公安局内设机构包括指挥中心，此部门为副科级单位，职责涵盖公安工作的全面监控与协调。它负责监控全市公安动态，组织反恐怖工作，处理紧急事务，起草并审核文件、会议报告，管理公安档案，接警及警务指挥，建设和维护报警指挥系统。此外，机要、统计、保密等工作也由其负责。
国内安全保卫大队是另一个副科级单位，将文保职能并入，负责政治保卫、社会稳定、反邪教和反恐怖活动等任务，收集情报，研究对策，维护重点部门和人员的安全，侦破涉及国家安全的案件，并协助上级部门进行专案侦查。
刑事侦查大队主要负责刑事犯罪的调查、打击，参与重特大案件的侦破，进行刑事案件的立案、勘查等工作，同时负责恐怖案件和黑社会性质组织的侦察处置，以及刑事技术管理和指导。
经济犯罪侦查大队独立运行，挂靠于刑侦大队，专门负责全市涉税及其他经济犯罪的指导和侦查工作，设有大队长、教导员和四个中队，包括重案、刑事技术、机动和扫黑中队，以及专门针对多发性犯罪的侦查中队。