(一)城乡分割的“二元体制”。是农村医疗服务体系落后的历史原因。
农村医疗服务体系
中国长期实行的非均衡发展政策是造成城乡差距的主要原因之一，这种再分配模式也反映到了公共服务的提供上。在城市，居民可以便捷地享受到比较充足的公共服务；而农村则不然，不仅公共服务设施十分有限、服务水平很差，而且在相当程度上还依靠农民自己解决。农村医疗服务体系也不例外。
由此可以看出城乡医疗卫生条件的巨大差距。这种历史形成的巨大欠账，在短期内是无法消除的。
(二)政府转型滞后，是农村医疗服务职能缺位的制度环境原因。
中国市场化改革已进行了20多年，经济已逐步转轨，社会已逐步转型，这客观上要求政府相应转型，即由管理型政府转向服务型政府，其中重点之一就是重构社会公共服务体系。但是，由于政府转型滞后使当前公共服务不到位、基本公共产品短缺的矛盾日益突显。特别是广大农村地区，乡镇政府原有的经济职能(主要是催种、催收)萎缩，甚至于消亡，但其并没有适应形势的变化实现转型。一方面，传统的基本职能逐步丧失，自身地位受到广泛置疑；另一方面，大量农民急需的公共服务提供缺位。如农村医疗服务甚至在某种程度上是倒退了。
(三)缺乏必要的经费保障机制，是农村医疗服务体系运转困难的直接原因。
在农村三级医疗服务网中，县级尚能保证基本运转，乡村两级则困难重重。上世纪80年代末以后，乡镇卫生院大多由“条条管理”变为“块块管理”，将“人、财、物”权全部由县下放到乡镇政府。而乡镇财政十分困难，有些地方连基本的人员经费都难以保证，事业发展费更是少之又少。再加上集体经济的衰落，原本依靠集体经济补助的部分也失去了来源。从现行制度来看，还存在以下具体问题：一是经费基数低。虽然农村医疗卫生经费近年来增长较快，但仍然低于合理的支出需要。二是公用经费、事业发展费比例非常低，很多县乡卫生机构连“养人”都很困难，发展更是无从谈起。三是在三级医疗服务网，支出仍然侧重在县级。四是农村医疗卫生经费挤占挪用现象时有发生。五是专项经费比例大，基层医疗机构使用经费的自主性、灵活性差，有时不能适应当地的实际，降低了资金效率。总之，经费供给不规范、没有保障。造成了农村医疗服务体系运转十分困难，也是普遍出现队伍涣散、人员素质下降、服务质量下降、与民争利的主要原因之一。
