吴中区住房和城乡建设局的各个科室及其主要职能如下：
办公室（法制科）
负责机关政务的协调，包括会议组织、文件处理、新闻宣传和保卫后勤等。研究住房和城乡建设重大问题，指导信息化工作，管理档案，以及法制建设和社会治安综合治理等工作。负责人是朱华新主任。
人事监察科
负责干部的培养、考核和管理工作，包括机构改革、人才引进、出国管理等。组织教育培训，负责行业监察，受理举报。科长是姚兴根。
老干部科
主要负责老干部的政治和生活待遇，组织学习活动，处理老干部事务，负责人是孙蓉燕科长。
财务管理科
负责局系统内部财务管理和预算，编制预算并执行决算，指导事业单位财务管理，处理公积金、医疗保险等工作，负责人是周英华科长。
城镇建设科（地震科）
负责城乡建设法规的制定和实施，编制项目计划，指导城镇基础设施和土地开发利用，参与规划编制，以及地震监测、抗震设防审查等工作。