昆明南城清真寺的历史可以追溯到两个不同的时期。一种说法是始于唐代，据清康熙年间《重修清真寺碑》记载，唐太宗六载即公元632年，清真寺在会城内的道上建立，元代的咸阳王又进行了重修。另一记载则认为其始建于元代，明嘉靖十九年，李元阳的《云南通志》记述了元平章政事赡思丁·赛典赤创建南城清真寺的史实。清代的文献也有所提及，如清道光二十二年的《昆明县志》记载了元代赛典赤·赡思丁在南门内和鱼市街建造的两座清真寺。
清初，南城清真寺不幸在战乱中被毁，但在乾隆年间得到了重建。嘉庆二十二年，即公元1817年，寺宇再次进行修缮。然而，清咸丰六年，即公元1856年，它又遭受了兵燹的破坏。直到同治六年，即公元1867年，清真寺再次被修复。最后，在光绪廿四年，即公元1898年，进行了大规模的修整和大修，以恢复其昔日的风貌。
清真寺，回族民间俗称礼拜寺。它是伊斯兰教最核心的一个建筑体和标志物，是穆斯林举行礼拜(祈祷)、宗教功课、宗教教育、宣教活动、重大节日庆典等中心场所。昆明南城清真寺，由赛典赤·赡思丁始建，清真寺的外貌明显地受佛教文化影响，展现出中国寺庙的建筑风格。昆明南城清真寺在寺里的庭院中有附设的印书社，保存着大批伊斯兰教经典及著作。