区域创新系统更为实际的意义在于政策制定中的作用。自20世纪90年，作为一个重要政策工具的“区域创新系统”在发达国家获得了巨大的成功，通过对地方化的学习过程的系统性促进作用，许多国家和地区因此成为创新型经济。在区域创新系统的分析框架中，策略性政策措施制定的主要依据是集中资源改善本地商业环境，增强区域创新系统中各主体的便捷联系和与专业化资源相关联的地方比较优势的形成，以此来提高公司的能力､绩效和区域的竞争力。然而，政策制定者在实际应用中必须考虑以下三个基本问题:第一，什么是区域以及区域创新系统的边界如何界定?第二，区域创新系统的内部关系如何?第三，各种组织机构在区域创新系统中的作用
一、区域及其边界的界定
政策制定首先要考虑的问题就是政策实施对象及其范围是什么，也就是区域创新系统中区域的概念及其边界的界定。
1、区域的概念。区域经济学研究中的“区域”是一种地理范畴(或政治疆域)，指国家内的部分地区，或者由若干个国家或地区组成的区域联合体。古典区域经济学家胡佛(Hove)认为：“所有的定义都把区域概括成一个整体的地理范畴，因而可以从整体上对其进行分析”。在这种意义上，一个村庄，一个城市>乃至一个国家，均可构成一个区域。那么应该如何理解区域创新系统中的区域呢?Cooke和Schien.stock(2000)与Cooke(2001)先后给出过两个区域定义。在第一个定义中，区域被描述为一个具有地理边界(行政区划)､支持创新网络和具备特定功能的地域空间。在第二个定义中，侧重于区域的“地理区域的”(georegional)或文化的特征。显然，相比第一个基于行政区划的区域定义，从文化层面界定的区域蕴涵了根植性的概念(conceptofembeddedness)，强调区域内部相互联系和相互依赖的特征。因此，区域创新系统中的“区域”所强调的是一个区域内部主体既相互独立又联系紧密的､经济活动较为完整的和具备特定功能的地域空间。
2、区域边界的界定。传统区域科学界定区域时主张以区位为基础，实现区域内和区域间自然资源的优化配置，物质流(自然资源的流动)是区域内和区域间要素交换的主要形式。新区域科学和现代区域发展理论突出知识和信息的作用，认为知识流(或信息流)已成为区域内和区域间要素交换的主要形式。作为区域创新系统中的区域，一个基本特征是网络关系的存在，系统内主体之间经常性地相互交流和发生交易，尤其是知识(信息)交流和技术信息交流，不仅包括单个独立市场的信息交流，而且包括一般的信息交流。区域主要行动者之间的以某种网络方式进行的信息交流是区域创新系统的重要前提。因此，知识流(信息流)的强度及其特征应成为界定区域上､下限的主要依据。这种界定在实践中有助于区域政策制定时考虑如何决定政策的实施范围。
二、区域创新系统内部机制的构建
区域创新系统的内部机制主要由互动学习､知识生产､邻近性和社会根植性等四个方面构成。它是区域创新系统最主要的方面，也是区域创新系统区别于其他系统的本质特点。在某种意义上讲，这些内部机制描述了区域创新系统内部动态性的原则，而这种动态性说明了区域创新系统的效率和成功的源泉。因此，区域创新政策主要是要促进区域创新系统内部机制的形成和发展。
区域创新系统的内部学习可以理解为系统各个主体之间在参与创新过程中产生互动学习的过程，这个过程同时也是知识产生和知识分享的过程，而知识分享又有助于增进互动学习的能力，因此，学习与创新密切相关。有利于区域创新的知识分享过程要求创新主体之间存在着高度的信任关系。在区域创新系统的内部机制中，这个问题主要是由邻近性解决，这也是为什么集聚可以更好地促进创新的一个原因。Gertler､Wolfe和Garkut(2000)认为邻近性通过三个方面对区域创新系统产生作用。其一，它与空间集聚产生的收益相联系。高度的空间集聚有利于产生大量的输入和输出，这一过程伴随着大量的资源使用和系统内部的学习互动。其二，邻近性有利于减少交易成本。地理邻近增加了主体间交流的速度，同时减少了交易的成本，使得知识和信息的交换与交流更为低廉。其三，邻近性与社会和文化密切相连。区域内各行为主体分享一个共同的社会经济环境容易形成高信任度和文化认同。
三、组织机构在区域创新系统中的作用
区域创新系统的主体包括各种各样的正式和非正式组织机构，例如，政府管理机构､行业组织和团体､科研机构､大学､职业培训机构等。Saperstein和Rouach(2002)在对世界九大高科技区的证实研究中发现，组织机构在构建区域创新系统中有着极其重要的作用。在区域创新政策的制定过程中如何体现和促进这些机构的作用同样是政策制定者需要考虑的内容。笔者认为，政策制定者需要重点关注作为地方治理主体的政府和非赢利性组织以及作为“知识基础设施”的大学和科研机构等两类组织机构的作用。
