南京军区福州总医院是一家拥有丰富学科资源的医疗机构，其院本部设有一系列专业学科，包括53个专业，涵盖了广泛的医疗领域。其中，医院拥有1个国家级重点学科，即国家中医药管理局的肿瘤重点学科，这在肿瘤研究和治疗方面处于国家领先水平。
在全军层面，医院享有7个重点学科的殊荣，如临床检验医学研究所、器官移植中心、儿科疾病诊治中心等，这些都是军队医疗领域的翘楚。此外，还有12个南京军区的重点学科，涵盖了普通外科、肝胆外科、骨科、妇产科等多个科室，以及呼吸内科、消化内科、肾脏病中心、神经外科、肿瘤中心、中医中心、药学中心和病理诊断中心等，为患者提供了全面的医疗服务。
为了进一步提升学科建设，医院实施了内外科结合和技术类似性学科群的策略，已经成功组建了多个学科群，如普外消化学科群、肝胆内外科学科群等，这不仅丰富了医院的学科内容，也为医院的学科发展带来了新的动力，使之在医疗领域取得了显著的进步。
在整形美容领域，医院的整形美容中心更是独具特色，它由原来的整形外科升级为整形中心，提供包括整形外科、烧伤整形科、激光美容科在内的全方位服务。中心拥有国内知名专家如杨苓山主任、盛综顺教授等，以及一支专业且经验丰富的医疗团队。作为福建省内顶尖的整形激光美容中心，它拥有先进的设备和国内领先的治疗技术，为爱美人士提供了高质量的美容治疗服务。
南京军区福州总医院（原九三医院，又称东方医院），建于1949年8月，是一家具有光荣历史的医院。经过半个多世纪的建设和发展，已成为学科齐全，技术力量雄厚，设备先进，诊疗环境优良，集预防、医疗、保健、教学、科研为一体的大型综合性“三级甲等医院”。医院是国家卫生部国际紧急救援网络医院、福建省120医疗急救网络医院、省交通事故救治定点单位以及省、市医保首批定点医疗机构。