为适应国家经济发展和西部大开发的战略需求，西南交通大学于2001年组建了药学类人才培养和科研基地——西南交通大学药学院和中药研究所。学院于2002年和2003年分别获得了教育部批准，开始招收制药工程（中药制药）和中药学专业的学生，目前拥有两个重点本科专业，学生总数接近200人。
学院机构设置完善，设有制药工程教研室、化学工程教研室、实验中心、中药研究中心和中药标本室等，正筹备增设药物制剂学和药学专业。2004年，学院将首次招收硕士研究生，致力于培养在制药工程、中药学等领域具备深厚理论和技术的高级专门人才和复合型高级技术人才。
药学院师资力量雄厚，现有34名专职教师，其中包括11位教授和副教授，博士、硕士学位教师占多数。学院聘请了来自清华大学等知名院校的药学专家担任兼职教授。院长马超英教授，中共党员，具有丰富教育和科研经验，曾担任多个学术组织的常委和学科带头人。
学院实验室设施不断优化，拥有无机化学、有机化学等实验室，计划在未来几年投资建设更多专业实验室，包括药物化学、药物分析等，并与制药企业合作建立学生实习和研发基地。
科研工作方面，学院教师主持和参与了多项国家级和省级科研项目，取得了显著成果，包括国家级科技进步奖、教学成果奖以及多项省级和地市级奖项，每年发表学术论文丰富。这些成就为药学院的持续发展奠定了坚实基础。
未来，药学院的目标是在现有专业基础上，逐步开设药物制剂和药学专业，建立硕士和博士点，培养更多高级人才，并与产业界紧密合作，将科研成果转化为实际应用，致力于中药现代化和西部大开发，为医药事业贡献力量。