1.首先招收院校不同。
单考单招招生录取的学校：主要是一些独立设置的全日制普通高职院校和个别招收专科的本科院校和少量招收师资本科的师范院校。
自主招生的招收院校分三类：
第一类：高水平大学自主招生，如“四大联盟”等。像清华、北大、浙大、吉大等名校都是联盟成员。
第二类：单独试点的自主选拔录取改革试验院校。复旦大学、上海交通大学等名校针对上海等地考生单独试点的自主招生。
第三类：本省高职自主招生试点院校。考生参加这些院校自主招生测试合格并且公示后，可直接被录取。
2.其次招生对象不同。
单考单招是为广大中专学校、职业高中和技工学校毕业生(简称三校生)设计的一种招考方式，现在普通高中毕业生也可报考，其志愿填报和专业课加试都有特殊要求。
自主招生的考生也可以分三类：
1、高中阶段学习成绩优秀、品学兼优、综合实力强或取得优秀荣誉称号的的高三毕业生；
2、在一定领域具有学科特长，在各类比赛及竞赛中获得奖励的考生；
3、高中阶段在科技创新、发明方面有突出表现并获得奖励的考生。
3.考试方式和录取方式不同
单考单招和普通高考高职的考试科目均为“3+X”，“3”同样包括语、数、外三科，均实行统考，各科满分都为150分，只是考试试卷不同。“X”也有不同。普通高考的“X”指文综(史地政)或理综(物化生)，单独招生的高职考试中的“X”指的是一科综合专业课或专业基础课、职业技能课两科，由招生院校自主命题和考试。
自主招生高校对报名考生进行初审，初审通过的考生名单将在高校招生网站上公布。接下来就是高校组织笔试和面试，各个高校笔试的科目不同，笔试和面试成绩的比重也不同。值得注意的是，自主招生多侧重考查考生的能力，主要是考生平时的积累，不是短时间内的针对性突击准备。自主招生入选考生在高考录取时是可以享受优惠政策的，但考生的高考成绩须高于其所在省（区市）试点高校同批次录取控制分数线。一般来说，降分优惠幅度非常大。部分优秀学生，可能获得降至一本线以下的优惠政策。