新疆的本科大学包括：新疆大学、新疆医科大学、新疆师范大学等。
详细解释如下：
1. 新疆大学
新疆大学是新疆维吾尔自治区的一所综合性重点大学，位于乌鲁木齐市。该校拥有较为完备的学科体系，涵盖了文、理、工、管、法、教育等多个学科领域。
2. 新疆医科大学
新疆医科大学是新疆地区一所医学类本科大学，也位于乌鲁木齐市。该校在医学领域具有较高的声誉，培养了大量的医学专业人才，为新疆及全国的医疗卫生事业做出了重要贡献。
3. 新疆师范大学
新疆师范大学是一所师范类本科大学，同样位于乌鲁木齐。该校在教育学、文学、历史学、理学、工学等多个学科领域均有涉猎，并为新疆地区培养了大量的教师和教育管理人才。
除了上述几所学校，新疆还有一些其他本科大学，如新疆农业大学、新疆工程学院、昌吉学院等。这些学校在不同的学科领域都有各自的优势和特色，为新疆及全国的社会经济发展提供了有力的人才支撑。