北京协和医学院拥有众多科研机构，致力于医学领域的前沿研究。其中包括：
、临床医学研究所、心血管病研究所、肿瘤研究所、整形外科研究所等，涵盖了基础医学、临床医学的各个方面。
此外，还有血液学研究所、皮肤病研究所、实验动物研究所、药物研究所、医药生物技术研究所等，以及专门研究医学信息的医学信息研究所和微循环的微循环研究所，以及涉及放射医学的放射医学研究所和生物医学工程的生物医学工程研究所。
输血和医学生物学方面，有输血研究所和药用植物研究所，后者设有海南分所和云南分所，以及深入研究病原生物学的病原生物学研究所。
在部委级重点实验室方面，如天然药物合成实验室、内分泌实验室、抗生素生物工程实验室等，以及关注微循环、心血管疾病研究的实验室，如微循环实验室和心血管药物临床研究实验室。
国家重点实验室更是实力雄厚，包括医学分子生物学国家重点实验室、分子肿瘤学国家重点实验室、实验血液学国家重点实验室和病毒基因工程国家重点实验室。在2006年的科技部评估中，这四个实验室均表现出色，医学分子生物学国家重点实验室更是被评为优秀重点实验室。
作为“协和三宝”之一，该校的名教授、图书馆和病案室为科研工作提供了坚实的基础和丰富的资源。
北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年创办，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的重点医科大学。2007年5月18日，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院。党中央、国务院和国家历届领导人对院校的发展十分关心支持。江泽民主席1997年亲笔为院校题写了“严谨、博精、创新、奉献”的院校训；胡锦涛主席对院校发展寄予了深切关注和殷切期望。 学校主页：http://www.pumc.edu.cn/