北京大学航天中心医院的医疗设备和服务设施相当齐全，特别关注以下几个重点科室：
神经外科：在治疗重症颅脑损伤方面具有出色的救治能力，采用高压氧疗法治疗脑卒中效果显著。
神经内科：专注于神经系统疾病的诊断和治疗，技术领先。
心胸外科：心脏瓣膜置换手术技术精湛，同时提供导管介入治疗服务。
心血管内科：在心脏疾病管理方面处于北京市的前沿地位。
普外科：骨科、微创保胆取石以及骨关节置换手术均采用国际先进技术和设备。
泌尿中心：提供高质量的器官移植服务，尤其在阴式系列手术和腔镜技术方面独具优势。
妇产科：致力于女性健康，擅长系列手术和现代化诊疗手段。
医院配备有尖端的医疗设备，如核磁共振成像系统（MRI）、CT扫描仪以及全自动检验设备，确保了精准的诊断。彩色超声诊断设备也是一大亮点。此外，医院全面推行网络化服务，包括医疗服务、日常办公和内部管理，提高了工作效率和患者的便利性。