市交通运输局内设12个职能科（室）。
1.党政办公室
负责对上级及全系统党务、政务的协调工作，具体负责文秘、调研、信息、保密、档案、内保、卫生、后勤及机关的房产管理，负责来信来访和议案的工作。
2.财务科
负责指导、检查、监督全系统财务工作；负责直属企事业单位国有资产的保值增值；负责全系统的税收、财务、物价检查工作；负责重点项目资金、砍块资金及重点开支的审核，拨款及机关经费的筹措工作；负责指导客运附加费、运输管理费、过路费的征收工作；指导交通会计学会工作。
3.审计科
负责对局直属各单位的国有资产、财务收支、企事业领导任期目标及离任审计；负责对全市的交通工程项目、技术改造、交通规费征收及其支出进行审计监督；指导全系统各单位的内部审计。
4.计划统计科（交通战备办）
负责全市交通行业发展战略规划，编制全市及公路基础设施建设中长期规划和年度计划；编制道路运输发展长远规划及年度计划；编制各项资金使用计划，并检查使用情况；负责交通重点项目前期工作和资金筹措；负责全市公路交通的综合统计和业务指导；负责全市交通战备工作。
5.政策法规科
监督国家和省、市有关交通的法律、规章的实施情况；负责全市交通行业规范性文件的起草及协调工作；承担交通行政执法监督检查及交通行政复议和诉讼；指导全市交通行业法制工作和局直属单位普法工作；协助有关部门治理全市公路“三乱”（乱收费、乱罚款、乱设卡）。
6.科技教育科
编制全市交通科技中长期发展规划及年度科技项目计划，组织交通科研和科技交流工作；指导全系统交通企业设备、节能、质量管理和新技术成果的推广应用；指导全系统交通科技保密、统计和环保工作；指导交通协会、学会工作；制定全系统交通行业职工教育发展规划和人才培训计划并组织实施。
7.收费科（新产业开发科）
研究拟定全市地方养路费、过路费征稽使用的政策并组织实施；负责全市地方交通规费征收票证的发放、回收管理；负责规费使用的稽查工作；负责全市交通地方规费征收的统计报表工作。指导全系统的新产业开发工作；负责引资、融资、筹资进行经营活动的统计。
8.公路科
负责公路建设项目的前期工作；负责公路工程设计、造价、质检、监督管理、项目竣工验收及优质工程、优秀设计的等级评定工作；负责工程技术问题的研讨；负责工程质量事故的处理；负责市、县级公路养护的管理；负责养护质量评定；负责公路灾害的抢险保通工作；负责公路设计和监理人员资格审查工作。
9.运政科
负责道路、客、货、出租车、非机动车运输、驾驶员培训、汽修、配件行业宏观管理；负责公路客运始发、中转、旅客集散，为经营者进行客运代理；负责运输管理各项规费征收稽查工作；负责全市道路运输综合统计；指导协调全市道路及公路运输，地方水运的行业管理；负责合资、集资、独资交通企业的审核申报；指导交通企业生产与管理；负责企业的体制改革、技术改造和交通工业产品许可证及企业资质认证资格审查。
10.人事劳资科
负责局机构编制，人事劳资工作；负责局机关和直属单位的调配、录用、人才引进及大中专毕业生、军转干部和复员退伍军人的接收安置工作；负责专业技术干部、技术工人职务资格的晋升审查；负责直属单位工资计划管理和劳动工资统计；负责公务员考评、全局的目标管理工作。贯彻执行国家安全生产政策法规，负责机关及所属企事业单位安全生产和防火、安全生产检查和事故查处。负责局机关离退休干部的管理和日常活动；指导局直属单位离退休干部的管理工作。
11.安全生产监察科
组织局各单位制定本单位安全技术规程和安全生产制度；定期对全局进行安全检查，对事故隐患或违反规章制度行为查处并限期整改；负责全局安全生产教育，总结推广安全生产先进经验。负责局属单位新建、扩建、改建、大修工程设计和施工安全检查；负责局系统生产伤亡事故的调查处理、统计、分析和报告工作；组织全局各种安全管理培训；检查全局女工保护、劳动保护执行情况；负责全局环境保护，落实各项环保政策和措施。
12.党群工作部（挂组织部、宣传部、工会、共青团牌子）
负责局直属单位科级干部管理；负责党的组织、宣传、工会、共青团工作；负责计划生育工作；负责全系统精神文明建设工作。
