耳朵和鼻腔在咽喉区域有相互连通的管道——咽鼓管，其管腔很小，在咽喉出现炎症时候会局部的肿大，导致咽鼓管下部堵塞，引起耳膜两侧的压强不同，在打哈欠时候，肺部大量的摄入空气，面部肌肉活动增加，会增加这种压强差异，引起耳朵疼痛。
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耳道炎症也会引起咽鼓管的堵塞，只不过有两种情况，一是耳道炎症局部肿大，导致堵塞，另外一种是耳道炎症出现了脓液，流入咽鼓管内，导致堵塞。也会出现耳膜两侧压强差异，打哈欠会增加这种现象，出现耳朵疼痛。
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颞下颌关节紊乱综合征是口腔颌面部最常见的疾病，发病机制尚未完全明了。本症的主要临床表现为关节区疼痛、运动时关节弹响、下颌运动障碍等，在打哈欠时候这种疼痛症状会明显增加，也会延伸辐射出耳朵疼痛的症状。
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腮腺和耳朵比较接近，有些患者出现了腮腺感染，腮腺严重肿大，有的甚至会肿到耳朵后面去，耳朵内部也有不同程度的肿大，在打哈欠时候容易牵扯到肿胀处，引起疼痛。