永州市人民医院前身为零陵专区人民医院，由英国基督教循道会创办的普爱医院和湖南省立零陵医院合并而成。
零陵普爱医院是一所私立医院，成立清光绪三十一年（1905年），是英国基督教循道会的附设医院。院址设在零陵县城钟楼街（今永州市零陵区中山路）。湖南省立零陵医院建立于民国35年（1946年）7月。院址设在零陵县考棚（今永州市零陵区人民路）。
1949年中华人民共和国成立。11月永州专区接管了这两所医院，将私立零陵普爱医院改为零陵人民医院，将湖南省立零陵医院改名为湖南省立第八人民医院。
1951年2月20日，零陵反动组织“湘桂粤黔边区反共救国军零陵支队” 成员在零陵县城纵火，大火将湖南省立第八人民医院房屋、设备全部烧毁。医院人员在城北朱家巷内一所旧院内继续开办医院，有病床10张，以看门诊为主。零陵专区拨款在省立零陵医院旧址上修建门诊楼和住院楼，于1951年8月，部分房屋落成，遂将上述两所医院合并成立零陵专区人民医院。
1952年11月，衡阳、零陵、郴州三个专区合并，成立湘南行政区后，医院归属零陵县管辖，改名为零陵人民医院。
1962年12月，零陵专区恢复，12月28日，将零陵人民医院复归专区管辖，改名为零陵专区人民医院。
1966年，“文化大革命”开始。医院于9月2日改名为零陵地区人民医院，成立“革命委员会”。
1969年2月—1970年1月，医院再次下放给零陵县管辖，名称未变。
1970年1月23日，医院复归零陵地区管辖，名称未变。
1974年3月，撤销零陵地区（萍岛）干部疗养院，其人员36人和设备移交给零陵地区人民医院。
从1974年起，省、地各有关部门陆续拨款在零陵县河西区河西路（今永州市零陵区潇湘西路，也叫潇水西路）修新址。1980年主体工程完工。1980年10月1日，零陵地区人民医院搬迁到新址——今永州市零陵区潇湘西路126号（现为151号）。原医院旧址、少量设备和58名工作人员移交给新成立的衡阳医学院零陵分院附属医院（后改称零陵地区卫生学校附属医院，今永州市第四人民医院）。
1995年地改市后，更名为永州市人民医院。1998年在冷水滩区梅湾街道湘永路78号新建一所功能齐全的综合性医院，现对外称永州市人民医院（新院），也叫永州市人民医院二院、永州市第二人民医院、永州市人民医院冷水滩分院。
