太仓市朱棣文小学创办于 1999年5月，是太仓市的五大实事工程之一，由新区管委会、教育局、市财政共同投资兴建，总投资2000多万元。学校隶属于太仓市教育局和开发区管委会，原名为“太仓市新区小学” ，位于太仓市城厢镇柳州路30号。学校设计规模6轨36班，占地42000平方米，其中校舍建筑面积13060平方米，其中教学用房11130平方米，行政用房563平方米，食堂1377平方米；绿化面积15750平方米，学校绿化布局由上海同济大学规划设计。1999年9月，教学用房投入使用。
1999年9月，学校正式对外招生，施教区为太平路以东，郑和路以南，新浏河以北，外环一级公路以西。由王晓春同志任学校校长兼党支部书记，严忆人任副校长，下设教导处、教科室、总务处、工会、团支部、人事等。办学初期，学校就提出了追求“四个一流”的办学目标，即“一流的设施、一流的师资、一流的管理、一流的质量”。学校边建设边招生，当时招收17个班级，828名学生，45名教职员工。为各班录音机和投影机。学校举行了首届“园丁杯”语文中青年教师评优课和学校运动会。学校在太仓市小学生综合素质竞赛中获团体一等奖。
2000年8月，学校基础设施建设基本完成，校园建筑群主要由诚信楼、启智楼、博学楼、求真楼、艺体楼、行政楼等组成，学校同时更名为“太仓市朱棣文小学”。同年8月朱棣文携夫人来校访问，并为学校题词：“Primary school is the first school，and as the first school，it is the first important step forward in a long quest of knowledge。Mary the students learn to love learning during this step。”意思是说：“小学是人生第一所学校，是获得知识的重要第一站，愿所有的人在这里学会热爱学习。”学校招收20个班级，892名学生，57名教职员工。新增彩电25台，实现三机一幕进教室。学校被苏州市教委授予“苏州市德育先进学校”。
2001年2月，学校艺体楼正式投入使用，学校新增电脑34台，开始建设校园网。9月学校招收22个班级，958名学生，64名教职员工。学校确立了“科研先导”、“科研兴师”、“科研兴教”、“科研兴校”的基本策略，加大对教科研的管理力度。学校成功立项省级“十五”教育科研规划课题《“朱棣文精神”在小学教育中的实践研究》，编辑出版了第一本校本教材《朱棣文》，学校举办了第一届科技节开幕式。学校成功创建“苏州市常规管理示范小学”，被苏州市教育局评为“2000--2001苏州市文明单位”“苏州市中小学教师继续教育先进集体”、“苏州市教育技术装备先进集体”、“苏州市先进教工之家”。
2002年8月，学校公开招聘1名副校长，学校教导主任全柳芳同志通过竞争上岗走上了副校长岗位。学校新建电脑房2个，室内体育馆正式投入使用，教育设施进一步完善，办学规模进一步扩大，学校招收26个班级，1147名学生，72名教职员工。学校隆重举行省级“十五”教育科研规划课题《“朱棣文精神”在小学教育中的实践研究》开题仪式，编辑出版了第二本校本教材《追求与超越—朱棣文成功启示录》，成功承办江苏省苏教版小学数学教材第十八届师资培训会。学校接受接受江苏省实验小学评估验收，学校成为江苏省青少年科技教育协会团体会员，在太仓市2001—2002学年度教学工作考核中获优秀等级。
2003年4月，学校被命名为省实验小学，科技教育特色学校，太仓市绿色学校。11月投资110万的300米环形塑胶跑道正式投入使用。学校招收30个教学班，1392名学生，80名教职员工。学校举行了首届论文发布会。
2004年9月，学校招收34个教学班，1564名学生，88名教职员工。学校启动了“星级教师”培养工程。学校学校投资16万元装修了学校图书馆，为师生营造良好的阅读环境，积极营造“书香校园”，学校被命名为全国新教育实验学校。
2005年暑期，学校加强校园文化建设，修建了名人文化墙等校园景观。学校的办学声誉日益提高，办学规模进一步扩大，招收37个班级，1668名学生，93名教职员工，首次突破设计规模。学校推行分层目标管理负责制。学校成功编著第三本校
本教材《成功伴我成长》，省级“十五”教育科研规划课题《“朱棣文精神”在小学教育中的实践研究》取得丰硕成果，顺利结题。
2006年8月，学校成立新一届领导班子，由龚雪萍任校长兼党支部书记，全柳芳、陆玲、徐逸明任副校长。学校办学规模进一步扩大，招收39个教学班，1817名学生，97名教职员工。超规模办学给学校硬件设施带来了巨大压力。学校继续推行分层目标管理负责制，通过实施 “科研工程”、“校园文化工程”、“教师专业化工程”和“数字校园工程”，弘扬学校优良传统，提高教育教学质量，推进学校全面、和谐、可持续发展。学校加强书香校园建设工作，积极开展图书漂流活动。学校加强依法治校工作，进一步完善学校各项规章制度，出台了《朱棣文小学十一五规划》、《太仓市朱棣文小学安全管理规定（暂行）》、《太仓市朱棣文小学考核奖惩制试行方案（试行）》、《太仓市朱棣文小学教学事故认定和处理暂行办法（试行）》《太仓朱棣文小学后勤保障事故认定与处理办法（试行）》、《太仓市朱棣文小学骨干教师管理规程》。
省级“十一五”教育科研规划课题《“朱棣文精神”引领下的学校文化建构研究》成功立项，并顺利开题。学校为改善教师办公条件，改造了校园内部电话，为教师办公室安装空调。学校成功创建苏州市教育现代化小学、苏州市绿色学校，苏州市一级图书馆。学校被评为苏州市教育科研先进单位、太仓市安全文明学校、太仓市体教结合模范学校。
2007年8月，随着新区三小的新建，教育局调整施教区，新施教区为太平路以东，郑和路以南，新浏河以北，半泾河以西。学校开始控制办学规模，按6轨的规模招收一年级新生。学校招收40个班级，其中一年级控制为6个班，1864名学生，101名教职员工。学校实施文化管理，让朱棣文精神成为学校核心价值观，营造奋力争先的学校工作氛围，开展了“一个干部一名舵手”、“一个党员一面旗帜”、“一个团员一股活力”、“一个教工一份责任”的教育活动，深入开展校本教材进课堂活动。
学校加强师资队伍建设，开展第五届校级骨干教师的评选命名活动。苏州万鸿房产有限公司捐赠学校60万元，兴建学校天文台，积极开展科技与天文教育活动。学校成立太仓市第一个男子与女子手球队，在太仓市田径运动会首次获得团体总分的第一名，在小学生乒乓赛中实现二连冠，学校体育事业实现了历史性的突破。学校改造中心机房，新建了一个网络教室，学校添置了26台52寸教学专用背投和40台便携式实物视频展示仪和一台交互式电子白板，进一步完善学校现代化教学设施。在苏州市优秀教育网站评比中获“教育门户网类站”和“教育资源网站”一等奖。学校积极开展校园阅读节活动，被授予“苏州市十佳书香校园”。
