南昌市司法局内部设有多个核心部门，具体职责如下：
1. 办公室 负责组织和监督局内的重大政务活动，负责内外联系的协调与督查，起草综合性文件，制定司法行政发展战略和计划，负责政务信息、文秘、信访、新闻发布、统计、档案管理和保密等工作，管理财务和行政事务，以及指导信息技术网络建设，并负责国有资产、物资装备和业务经费的监督。
2. 人事警务处 主管队伍管理、机构编制、干部人事、工资福利、教育培训、思想政治工作和老干部工作，协管干部考核和推荐，组织法学类教育相关工作。
3. 法制宣传处 负责全市法制宣传教育，制定规划和工作计划，组织培训、考试和考核，指导法制新闻和对外法制宣传。
4. 律师工作处 管理律师工作、法律顾问，监督法律服务机构，负责律师执业证审核、律师事务所设立登记和奖惩工作，组织国家司法考试。
5. 公证工作处 负责公证工作管理、年检和公证员资格管理，处理公证投诉举报。
6. 基层工作处 管理人民调解、基层法律服务和司法助理员工作，负责基层法律服务工作者资格考试和管理工作，以及刑满释放人员安置帮教。
7. 法制处(司法鉴定工作处) 起草法律文件，指导法制建设，处理行政复议和赔偿案件，管理司法鉴定机构和人员资质。
8. 法律援助工作处 管理法律援助，指导执业律师等法律服务，监督重大法律援助事项，管理法律援助基金和“148”法律服务。
9. 劳动教养管理处 指导劳教所业务，协助管教、生产等工作，参与统计报表、警容风纪检查，以及劳教人员的奖惩管理。
此外，政治部负责司法行政机关的政治工作，市法学会挂靠于司法局，机关党委负责党群工作，纪检组（监察室）为市纪委（监察局）的派出机构。