早在原中央大学医学院方始归属中国人民解放军建制的50年代 初期，当时全院不少学科都面临着如何尽快适应为军队正规化建设、为现代战争服务的迫切问题。郭祖超出于爱国热忱和强烈的责任心，率先带领他的同事和学生来到舟山群岛驻军的师、团、营、连各级部队，实地进行有关卫生工作的调查研究，亲自从原始的门诊疾病登记和住院病历中转录、整理出统计资料，并抽样观察其记录过程，以检验准确性。他一再教导学生们：“这就是原始数据，是统计资料的来源，这是一切统计分析的基础。原始数据若发生错误，是任何复杂的高级的统计方法所不能弥补的。”他言传身教，一丝不苟，所得资料翔实，分析正确，结论恰当。郭祖超是第一位运用现代统计学方法搜集和处理中国人民解放军卫生工作统计资料的组织者、指导者和实施者。他下决心要建立起科学的军队卫生统计学科，直接为中国人民解放军服务，为正义的战争服务。1954年郭祖超赴朝鲜民主主义共和国时提出，要全面总结中国人民志愿军卫生工作统计资料的计划，后来，由曾同他在舟山群岛驻军中调查并受到他亲手严格训练的一位学生，在1956—1957年参与主持领导下完成了，并编印成一本长达570页的《抗美援朝卫生工作统计资料》（内部出版）。这本资料以翔实的数据、完整的项目、准确的计算和丰富的内容，科学地反映了当时条件下军队卫生工作的特征和规律。这是中国人民解放军的一部珍贵历史文献。可以毫无愧色地说，此书在规模上、数据精度上都明显地超过了美国1984年出版的一本反映侵朝战争时期美军伤病死因的专著。
1956年，郭祖超参加了《中国人民解放军卫生统计工作教范》的主编工作。在编写过程中，他与其他同志一起深入部队、医院调查研究，搜集资料，在试点的基础上反复修改，使教范力求完善。此教范由中国人民解放军总后勤部卫生部于1957年颁布实施，从此全军部队、医院的卫生统计原始登记表格和指标分析方法有了统一的规范，对促进我军卫生工作的正规化、现代化建设起了推进作用。1981年，中国人民解放军总后勤部卫生部出版了郭祖超主编的《1974年度全国应征青年体检资料的统计分析》一书。该书真实地反映出十余万青年的体质特征，指出了体检不合格者的主要原因及应征青年的疾病特点，同时也阐明了新兵入伍后防治工作的重点。该书对今后修订应征青年体格检查的标准和预测某些指标将达到的水平，也是极富有科学性的重要参考。
为适应培养正规军医的需要，郭祖超自50年代以来编写和组织编写过多种军队卫生统计学教材，供军医大学以及军内其他单位不同层次学员学习之用。他充分运用多年来深入部队基层调查所积累的丰富资料和经验，并参考了各种有关军队卫生统计方面的研究成果，创造性地编纂了军队卫生统计学的对象和任务、军队卫生统计学的发展史、军队卫生勤务中统计调查的组织形式、中国人民解放军人员的健康统计、中国人民解放军在平时与战时军队卫生勤务的统计和报表制度等崭新的内容。为更快地培养专业人员，郭祖超不辞劳苦，主办了多期全军军队卫生统计训练班，并赴各地巡回讲学。由于郭祖超以及其他同志的不懈努力，军队卫生统计已建立起完整的体系和充实的内容，成为军事医学中一门独立的新学科。
