（一）牡丹江市人民政府教育督导室
指导全市教育督导工作；负责对市级以下人民政府教育行政部门、中等和中等以下各级各类学校的教育工作和扫除青壮年文盲工作进行监督、检查、评估、指导。
（二）办公室
负责综合协调机关政务、事务；负责会务、督办及重要事项的督察、文电、机要、保密、档案、信息、财务、目标管理、后勤管理、信访工作；负责办理人大、政协提案和议案；负责指导全市中小学幼儿园安全稳定工作；协调并指导教育系统重大突发公共事件处置和重大安全事故处理及社会治安综合整治工作；归口管理全市教育系统对外交流与国际合作工作；负责《牡丹江教育》刊发工作；负责联系驻牡省属高校。
（三）初幼教科
负责监督、检查、指导全市小学（含民族小学）、幼儿园、特殊教育学校贯彻执行教育方针、政策、法律、法规等工作；负责全市小学（含民族小学）、幼儿园、特殊教育学校德育工作和教学工作；检查、指导小学（含民族小学）、幼儿园、特殊教育学校教育教学改革工作、校外教育和安全教育工作；负责全市幼教布局规划、结构调整以及幼儿园审批标准的制定和评估工作；指导小学、幼儿园教学信息化建设和各地开展扫除青壮年文盲工作；负责制定市区小学初中分配工作方案，协调各区划分新生入学学区；负责城区小学的学籍管理；负责省示范小学、幼儿园的审核；协助督导室组织开展教育评估工作。
（四）中学教育科
监督、检查、指导普通中小学（含民族中学）贯彻执行教育方针、政策、法律、法规等工作；会同有关方面指导推进义务教育均衡发展，规范办学行为；负责指导普通中学（含民族中学）德育工作和教学工作；检查指导实施九年义务教育和普及高中教育工作；指导普通中学（含民族中学）教育教学改革和实验项目、基地的认定工作；负责市级示范性高中的评定和省级示范性初中的审核推荐工作；负责市区学生初中升高中的录取工作；负责市区普通中学学籍管理和初、高中毕业证的核发工作；负责省级三好学生的审核推荐和市级三好学生、优秀学生干部的认定工作；负责优秀班主任、先进德育工作者的评定和省级推荐工作；负责中学教材的选用工作。
（五）成人职业教育科
统筹、协调和指导全市中等职业教育的教学与改革，制定并组织实施中等职业学校的教育教学指导文件和评估标准；指导中等职业学校专业建设和基础能力建设工作；指导全市中等职业学校的教育教学管理、教学改革和教材建设工作；指导中等职业学校的教师培养培训工作；负责各类中等职业学校的学籍学历管理工作；会同有关部门拟定中等职业学校招生计划；负责对民办中等职业学校的教育教学管理、学籍管理和各项业务指导工作；负责检查、指导全市各行各业、企事业的职工教育工作及其所办的职工教育培训中心工作；负责核发成人高中学历教育毕业证书；负责各地乡（镇）农民文化技术学校的业务指导及农村实用技术培训工作。
（六）体育卫生与艺术教育科
负责指导全市学校体育、卫生与健康教育、艺术教育和国防教育工作；组织开展全市体育、艺术竞赛活动，组织中小学参加全国、全省体育（含国防）竞赛和艺术交流活动；拟定体育、卫生与艺术教育相关政策和教育教学指导性文件；规划、指导相关专业的教材建设；负责组织初中毕业学业体育考试；检查指导中小学体育、卫生、艺术课程开展及每天一小时体育锻炼情况；指导全市学校卫生防病及学生体质监测工作；指导市中小学卫生保健所工作。
（七）执法监督科
负责全市教育综合改革与发展战略的研究；负责全市教育系统法制宣传、教育行政执法监督和行政复议工作；负责监督、检查全市教育法律、法规贯彻、执行情况和对违法、违规案件查处；负责民办教育机构的审核、审批和管理工作。
（八）财务审计科
编制教育事业发展的财务年度预算；统计并监测全市教育经费投入和执行情况；协调、管理国家、省、市下拨的各种教育专项经费；指导全市教育财务管理工作；检查指导直属单位经费的预、决算及财务管理；统筹管理直属单位国有资产；负责审计监督直属单位资金的使用情况；负责领导离任经济责任审计；指导各县（市）、区教育行政部门的内部审计工作。
（九）发展规划科
编制教育事业发展的中长期规划；负责全市直属学校教育的布局规划、结构调整、资源优化配置；负责制定直属中小学基本建设规划；负责全市教育基本信息统计分析、编制统计资料工作；指导、检查各级各类学校改善办学条件工作；负责直属学校校舍维修改造和校舍安全工作；监督检查基建资金使用、质量监督检查和决算审计工作；负责中小学教学设备的配置和管理工作；负责职工房屋管理工作。
（十）师资管理科
负责全市教师队伍规划、建设及培训工作；负责组织初、中级教师职务的评审和高级教师职务的评选推荐工作；负责特级教师评选推荐工作；负责国家、省级骨干教师的审核推荐工作；负责全市各级各类学校教师资格认定的有关工作。
（十一）人事科
负责管理局机关、市直教育系统人员编制、劳动工资、教职工调动及教职工年度考核工作；负责师范院校毕业生就业指导工作；负责指导学校进行事业单位改革工作；负责教育系统表彰奖励的审核、审批工作；负责享受市以上政府津贴人员、学科带头人的推荐和管理工作；负责制定师资需求计划、劳动工资计划和干部、劳动工资报表的统计工作；负责干部培训工作；负责全市支教工作。
（十二）远程教育信息科、机关党委
负责全市教育系统教育信息化发展规划与统筹建设和远程（网络）教育管理及开展现代教育技术相关工作；负责全市电化教育工作；发展远程教育技术装备规划和管理工作；负责并指导全市语言文字工作。负责教育局机关的党建工作、精神文明建设工作；监督、检查机关工作人员工作纪律、工作作风。
（十三）党委办公室(组织部、宣传部、团委)
负责教育系统党的思想建设、组织建设和作风建设；负责直属单位领导班子管理、干部队伍建设、基层组织建设、党员教育和管理工作;负责教育系统干部教育培训工作；负责指导教育系统思想理论宣传教育工作；指导直属学校精神文明建设工作及学校统战工作；负责指导、组织直属单位团委抓好团的组织建设、思想建设和文化建设；负责老干部及党委交办的其他工作。
（十四）工会
负责指导全市教育系统工会管理、校务公开、扶贫解困、女教职工、人口计生综合治理目标任务；围绕教育系统中心工作，组织开展有行业特色的各项活动；定期开展基层工会换届工作；指导各单位召开教职工代表大会及教代会评估。
（十五）纪检委、监察室
负责指导各县（市）、区教育行政部门的行政监察工作；检查系统党组织、党员领导干部贯彻执行党的路线、方针、政策及遵守党章和其他规章制度执行情况，督促、检查党风责任制和廉政措施的落实； 负责对教育系统党组织、党员进行党风、党纪和廉政教育；受理查办教育局系统党员领导干部（科级）的违纪案件；负责《牡丹江市教育局行政问责暂行办法》及教师队伍中错误行为有关问题的调查、处理工作； 负责教育系统行风评议和治理教育乱收费工作；负责市教育局纪检监察信访工作； 完成市纪委、监察局和市教育局党委、行政交办的其他工作。
