北朝的政治行政区划继承了汉朝和晋朝的三级制度，即州、郡、县，设有刺史、太守和县令等职务。然而，北魏时期做出了一些创新。天赐三年（406年），每个州增加了三位刺史，其中一位是宗室成员，两位是异姓官员。郡置三太守，县则设有三位令长，尽管存在这些职位，但他们通常不直接管理百姓。具体实行细节不明，可能很快就被调整。献文帝时期，史书记载了例如房法寿与韩麒麟分别担任冀州刺史、毕众敬与李璨担任兖州刺史、张谠与高闾担任东徐州刺史的情况。值得注意的是，这些刺史多为新归附的刘宋将领，可能反映了对异姓和新附势力的防范策略。在这个时期，太守不再直接管理百姓，而是由刺史负责，表明州郡的管辖范围较小，刺史可以直接统辖县。
北魏前期，郡分为大、次、中、下四个等级，而太和末期以后，州（除去司州）、郡（除去河南）、县（除了洛阳）则进一步细分为上、中、下三个等级。到了北齐时期，除了司州、清都郡和几个特定的县，州郡县都划分为了上上、上中、上下、中上、中中、中下、下上、下中、下下九个等级。北周的划分则以户数为基础，州除雍州外，根据户数分为五个等级，郡除京兆外，也分为五个等级，县除长安、万年外，同样分为五个等级，每个等级都有详细的划分标准。
今内蒙古中部地区。北朝的州、郡、县三级制沿自汉、晋，各置刺史、太守、县令，各分数等。北朝疆域，屡有变迁，政区建置，也因时而异。北魏末年，北朝虽仍有镇戍的设置，但只管军事，不理民政，不再具政区性质。