潍坊市住房和城乡建设局根据其职能，设有多个专门科室以确保高效运作:
(一)办公室：负责协调机关日常事务，包括文秘、档案、保密、信息管理、督办、新闻宣传、会议组织与协调等工作，参与重要文件的起草、审核，并负责调查研究和史志编纂工作。
(二)政策法规科：主要负责住房与城乡建设行业的规范性文件起草、审查、报批，包括规章解释、清理和汇编，管理行政执法、监督、行政复议及应诉工作，指导法制建设和宣传教育。
(三)组织人事科（挂老干部科牌子）：负责局机关的人事管理、党务工作，指导所属单位的思想政治、精神文明建设，管理职称事务和离退休人员服务。
(四)财务审计科：监督机关及下属单位的财务管理，负责建设资金管理，组织财务人员培训，并进行业务资格审核管理。
(五)住房保障与市场监管科（挂预售管理科牌子）：指导住房建设，制定住房保障政策，监督实施经济适用房、廉租住房等保障性住房建设，负责房地产市场监管，负责房地产开发、房屋征收拆迁等工作。
(六)住宅与房产管理科：指导住房管理工作，参与房地产市场监管，制定房屋权属管理、租赁、房产测绘等制度，并负责资质审批和房产交易等工作。
(七)工程建设科（挂清理拖欠工程款和农民工工资办公室牌子）：制定行业发展战略，监督建筑市场，负责工程招投标、资质审批、施工监理，以及解决建设领域拖欠工程款和农民工工资问题。
(八)勘察设计科（挂安全生产科牌子）：负责勘察设计行业规划，确保工程质量与安全，负责建筑企业资质管理，参与抗震设计规范的实施。
(九)城市建设科：负责城市建设规划，监督市政公用工程，负责城市建设项目立项审查和小型项目设计审批，参与城市节约用水和专业规划编制。
(十)村镇建设科：制定村庄和小城镇建设政策，指导农村住房改善和历史文化名镇、名村保护。
(十一)建筑节能与科技科：推动建筑节能、墙体材料革新，组织科技教育和对外交流合作。
根据中共山东省委、山东省人民政府批准的《潍坊市人民政府机构改革方案》(鲁厅字〔2009〕44号)和中共潍坊市委、潍坊市人民政府印发的《潍坊市人民政府机构改革实施意见》(潍发〔2010〕3号),设立潍坊市住房和城乡建设局,为市政府工作部门。