龙泉驿区财政局的职能机构分工明确，主要分为办公室、经建科、行财科、收费票据监管中心、监督检查科、会计科、预算科、国库科、农业科、社保科、国库集中收付与代理核算中心、国资科、企业科等，每个科室负责不同的财政管理任务。
办公室负责全局日常事务处理、会议组织、文件起草、保密、信访等，并管理财务和固定资产。
经建科主要负责财政投融资项目管理、粮食储备资金及政府性基金的监管，参与城市维护建设资金分配，监管重大项目。
行财科则根据政策制定财务管理办法，审核预算，管理专项经费，监督财务执行情况，建立相关数据库。
收费票据监管中心负责行政事业性票据的统一管理和监督。
监督检查科负责财政政策执行监督、国有资产管理和财政审计等工作。
会计科管理全区会计工作，负责会计人员资格管理和专业资格评审，指导社会中介机构执行财政监督。
预算科研究经济政策、财政改革，编制预算，分析财政收支，建立数据库。
国库科执行金库管理制度，负责财政资金调度和预算外资金管理。
农业科负责支农政策管理，监管涉农资金，参与农业综合开发。
社保科负责社会保障资金管理，编制预算，监督社会保障支出。
国库集中收付中心则进行会计核算、资金结算和财务公开，实行集中支付制。
国资科负责国有资产管理，参与产权界定、转让和处置等工作。
企业科则负责企业国有资产管理，包括财务监管、国有资本金管理等。