浙江九龙山国家级自然保护区的运营管理机构是浙江九龙山国家级自然保护区管理局，这是一家专门从事社会公益事业的事业单位，性质纯公益，由浙江省机构编制委员会设立，享有副县处级的行政级别。管理局的编制人数为33名，人员工资和公用经费由省级财政全额负担。在组织结构上，管理局隶属于遂昌县人民政府，同时接受省级相关业务部门的业务指导。
在具体的运营上，保护区采用二级管理结构，即管理局和保护站。目前，保护区已设有四个保护站，分布在黄沙腰镇的上廖坑保护站和岩坪保护站，以及龙洋乡的西坑里保护站和柘岱口乡的陈坑保护站。管理局内部规划设置有办公室、保护管理科、科研教育科、生产经营科和森林派出所等职能科室，而各保护站则进一步细分为9个保护点和4个瞭望台，以确保全面有效地进行保护工作。
目前，保护区共有在职职工29名，其中23人为在编人员，另有3名为临时工作人员。在专业人才方面，队伍中拥有1名高级职称，12名中级职称，以及8名助理工程师，显示出保护区在专业管理上的实力和决心。
九龙山自然保护区位于遂昌西南部，总面积30万亩。主峰1724米，为浙江省第四高峰。海拔千米以上有近万亩原始状态的天然林，具备中亚热带阔叶林植被的典型特征。有植物173科637属1340余种，国家级重点保护植物18种；有脊椎动物149种，有猕猴、金钱豹、云豹、金猫、娃娃鱼、髭蟾等珍稀动物十余种，享有“生物基因库”的美称。保护区内壮观的十里猴头杜鹃长廊全国罕见，更有神秘的“野人之迷”。1983年建立自然保护区，内有四洲兰、蔡相岩、龙井、十八罗汉、饭蒸坛、八仙钓台、大岩、石门等景点。