爱佑华夏慈善基金会的治理结构由决策机构理事会和执行机构秘书处共同构成，以确保基金会的高效运作和合规管理。
理事会作为本基金会的核心决策机构，负责制定和修改章程，包括选举、罢免理事长、副理事长和秘书长等重要职务。它们负责决定基金会的重大业务活动计划，如资金募集、管理和使用，年度收支预算及决算，内部管理制度的建立，以及设立机构如办事机构、分支机构等。此外，理事会还负责基金会的分立、合并或终止等重大事项的决定。
秘书处作为执行机构，由秘书长在理事长的领导下工作。秘书长主要职责包括主持日常运营，执行理事会决议，组织年度公益活动，拟定并报理事会审批内部管理规章制度，提出副秘书长和财务负责人的聘任建议，协调各机构工作，以及执行理事会赋予的其他职权。
监事作为基金会的监督机构，依据章程的规定，他们负责检查基金会的财务和会计资料，确保基金会遵守法律法规和章程。监事有权列席理事会会议，提出质询和建议，并向相关管理机关报告基金会的运营情况。
爱佑华夏慈善基金会是在民政部注册成立的非公募基金会，其前身北京市华夏慈善基金会是2004年《基金会管理条例》出台后国内第一家注册成立的非公募基金会。爱佑华夏慈善基金会以私募形式筹集善款，以慈善的家心推动财富的理性再分配。