有区别，主要区别是，功效不同、适用病症不同、注意事项不同，具体如下：
一、功效不同
1、保济丸
主要功效：解表，祛湿，和中。
2、藿香正气丸
主要功效：解表化湿，理气和中。
二、适用病症不同
1、保济丸
用于暑湿感冒，症见发热头痛、腹痛腹泻、恶心呕吐、肠胃不适，亦用于晕车晕船。
2、藿香正气丸
用于暑湿感冒，头痛身重胸闷，或恶寒发热，脘腹胀痛，呕吐泄泻。
三、注意事项不同
1、保济丸
①、忌烟、酒及辛辣、生冷、油腻食物。
②、外感燥热者不宜服用。
③、有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下服用。
2、藿香正气丸
①、饮食宜清淡。
②、有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者、孕妇或正在接受其它治疗的患者，均应在医师指导下服用。
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