1987年12月23日，国务院批准（国函[1987]185号）：将巴马瑶族自治县的板兰乡全部，东山、凤凰、羌圩三个乡的十七个村划归大化瑶族自治县。广西壮族自治区办公厅1988年3月30日《关于大化瑶族自治县行政区域范围的补充通知》确定的行政区域：巴马瑶族自治县的板兰乡全部，凤凰乡的那色、京屯、巴、追、巴岩等4村，东山乡的弄冠村，羌圩乡的羌圩、坡马、艾圩、洪筹、那良、古龙、东杠、健康等8村，乙圩乡的乙圩、常吉、常怀、果好等4村划归大化瑶族自治县。
2000年，巴马瑶族自治县辖1个镇、11个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、局桑乡、西山乡、平洞乡、东山乡、凤凰乡、那桃乡、百林乡。
2003年巴马瑶族自治县行政区划一览（1个镇、11个乡：巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、局桑乡、西山乡、平洞乡、东山乡、凤凰乡、百林乡、那桃乡）
巴马镇辖：城东、城中、城南、城北4个居委会；巴马、巴发、巴廖、设长、盘阳、法福、练乡、坡腾、巴定、赐福、那坝、龙洪、介莫、元吉14个行政村。
燕洞乡辖：龙甲、交乐、龙凤、龙田、同合、赖满、燕洞、龙威、新力、洪晚、子帽、岩廷12个行政村。
甲篆乡辖：百马、拉高、甲篆、那门、松吉、平安、坡月、民山、仁乡、兴仁、好合11个行政村。
那社乡辖：东烈、大洛、那社、公爱、那乙、那勤、祥兰7个行政村。
所略乡辖：所圩、坡帮、料乡、甲略、坡晚、福乡、平六、六能、龙凤、尚勤、弄中、百九、弄阳、弄神14个行政村。
局桑乡辖：局桑、彩乡、力那、浪因4个行政村。
西山乡辖：福厚、合乐、巴纳、弄友、加而、干长、拉林、弄京、林览、卡才10个行政村。
平洞乡辖：弄峰、弄烈、弄林、坡林、勤兰、戈贤6个行政村。
东山乡辖：卡桥、江团、优雅、弄谟、三联、文钱、弄山、长垌8个行政村。
凤凰乡辖：长和、德纳、凤凰、那朝4个行政村。
百林乡辖：阳春、那弄、那莫、罗皮、平田5个行政村。
那桃乡辖：那桃、那敏、兰廷、立德、坡良、民安、班交、平林8个行政村。
2005年，局桑乡并入所略乡；平洞乡并入西山乡。之后，巴马瑶族自治县辖1个镇、9个乡巴马镇、燕洞乡、甲篆乡、那社乡、所略乡、西山乡、东山乡、凤凰乡、百林乡、那桃乡。县人民政府驻巴马镇。
