1744年，在伦敦的一条名为Theradneedle的街上，一个名为维吉尼亚-马里兰的咖啡馆在每周一上午都聚集了众多的商人和船东。他们在此讨论商业问题，拟定运输合同、解决纠纷等。由于商界的商人们和船东们经常在这里聚会，讨论的商业问题主要围绕波罗的海沿岸海运进行。维吉尼亚-马里兰咖啡屋改名为维吉尼亚-波罗的海咖啡屋。这就是波罗的海航交所的最早形态。最初的咖啡屋会议是开放式的，但是与会人员大都是对动物油脂、油料、亚麻制品、大麻和种子贸易感兴趣的商人。
然而随这欧洲人口的快速增长，同时伴着英国在海外的殖民扩张。伦敦逐渐成为英帝国的商业中心。航运业也围绕维吉尼亚-波罗的海咖啡屋快速发展。1810年维吉尼亚和马里兰咖啡屋搬迁到了安特卫普，并改名为安特卫普酒馆。
然而这种非正式的咖啡屋会议形式已经不能满足海运业快速发展的需要，1823年为了打击市场中存在的“野蛮赌博”行为，一些常聚于咖啡厅的资格较老、地位较高的商人们成立了正式委员会。最初成员由23个，涵盖了批发商、动物油脂零售商、肥皂制造商以及一些经纪人。委员会制定了相应的规章制度以及入会手续。委员会还决定开放一间认购室，但只针对付费用户且上限为300。这就是今天世界航运业最重要的交易市场--波罗的海交易所的雏形。同年的5月1日交易室开始运作。在最初的几周吸引了来自巴黎、斯德哥尔摩、圣彼得堡、马赛、阿姆斯特丹、悉尼、安特卫普、直布罗陀、马德里、汉堡和牙买加的众多商人，这是一个良好的开端。 1846年玉米法案的废除引发了批发商对进口小麦的重视，出现了更多的船只和经纪人，波罗的海委员会已经不能满足要求。1855年，波罗的海有限公司成立，同时制定了新的规章制度。另一方面，为了扩展空间，公司于1857年收购了同位于Threadneedle街上的南海府。同时任命威廉.奥克斯雷为全职秘书长。截止到1859年波罗的海航交所已经拥有了737个成员。1859年波罗的海航交所在南海府成立了电报局，从而可以更快速的与世界各地航运成员进行沟通。十年后，苏伊士运河开通，预示了一个商贸和航运的新时代的来临。
19世纪后期，英国经济空前繁荣，它控制了全球工业近三分之一的产值。英国当时的贸易总额是法国的两倍，因此波罗的海航交所成员掌控的贸易额也相应的在世界贸易额中占很大比例。这个时候爱迪生发明了电话并且第一个电话安装在波罗的海有限公司。到了1881年，南海府每天电话业务量在200个左右。
随着业务量的扩大，波罗的海有限公司内部成员于股东之间关于服务质量和总量的争论扩大化。同时于1892年在比利特大街成立的伦敦船运交易所也给波罗的海有限公司带来了很大的竞争压力。然而，波罗的海有限公司始终保持领先于伦敦船运交易所的卓越地位。然而波罗的海同时存在的两个大型的竞争的交易所显然不符合市场利益。这两个机构于1898年开始逐步合并。1902年，伦敦航运交易所、波罗的海有限公司和伦敦金融城的外汇集团有限公司合并并迁入新址—圣玛丽娅斧街。 第一次世界大战给诸如波罗的海航交所的国际性机构带来了巨大的困难。62个波罗的海航交所成员在战争中失去生命。战后英国的国际地位一落千丈，波罗的海航交所也面临了诚信危机，成员们开始思考经纪人是否必要同时召集了与粮食商人，磨坊主等的一系列的会议。
1929年航空工业的发展促进了航空租用契约的发展。1929年2月，在英国成立了第一个飞机租用契约公司。1929年在圣玛丽娅斧头街同时出现了伦敦玉米贸易协会的期货市场。
波罗的海航交所的贸易随着1929年华尔街金融危机导致的全球经济衰退而大幅下跌。各工业国家为了应对经济衰退而普遍实施保护政策，这种贸易格局的变化导致航运业收益大减，同时波罗的海航交所成员数量也减少很多。
到了1935年，波罗的海有限公司作为商品市场的功能终结。他演变成了一个海运运费市场。经纪人不再单一的依靠英国商船队，而是将贸易扩展到世界各地。
1939年爆发的第二次世界大战，政府了成立了海运部来组织船只租用业务，从而消减了波罗的海地区经纪人的数量。经过几周的战争，英国小麦进口量下跌，政府抛弃了租用体系。政府直接控制了船只的货运种类和航运路线。波罗的海航交所被迫停止了交易。到了1945年，航运部们仍然对海运业全面控制。然而船东和他们的经纪人可以安排包机用并自行决定时间。
1949年，波罗的海航交所成立了世界上第一个航空运费交易所并成立了空运经纪人联合会。直到1952年，政府部门放松了对船运市场的控制。波罗的海航交所的成员重新聚集起来，航交所规模也不断扩大。1971年，航交所重新起草了有关成员资格的规章制度。制度规定，一家公司若想成为会员，必须有足够的资金，大部分的成员是作为有限公司的代表在波罗的海交易所进行交易。
70年代和80年代的通讯革命，大大的促进了波罗的海航交所的发展。1985年，世界上第一个货运期货市场推出，使得业主和租船人可以尽量减少运费波动风险。波罗的海国际运费期货交易所开业。
1985年波罗的海运费--BFI（BALTIC FREIGHT INDEX）指数推出，这是第一个波罗的海计算的系列货运市场指数。该指数是由若干条传统的干散货船航线的运价，按照各自在航运市场上的重要程度和所占比重构成的综合性指数。指数设立的1月4日为1000点，由13条航线的程租运价构成，每船货种小到1.4万吨化肥，大到12万吨煤炭，没有期租航线。
1992年恐怖分子的炸弹炸毁了波罗的海交易所，然而航交所依然运作，首先是在伦敦劳埃德公司，后来搬回到原先的部分旧的交易所大楼中。
1994年波罗的海航交所庆祝成立250周年。
1995年在圣玛丽娅斧头街38号建立永久场所，这就是我们今天所看到的波罗的海航交所。
1999年的9月1日，波罗的海交易所将原来反映巴拿马型船和好望角型船的BFI指数分解成波罗的海海岬型船运价指数（BCI）和波罗的海巴拿马型船运价指数（BPI）两个指数，这样与已设立的大灵便型船运价指数BHI共同组成三大船型运价指数，指数构成的航线达到24条。同年11月1日，在BCI、BPI基础上产生的波罗的海干散货运价指数（BDI）取代BFI，成为代表国际干散货运输市场走势的晴雨表。
2006年10月，波罗的海航运交易所投资数以百万美元，建立的电子商贸平台balticexchangecom正式启用，以方便其数名千名会员在互联网上进行更快捷的电子交易。波罗的海航运交易所主席基钦表示，该电子商贸平台是组织一项显眼及创新的产品，可更方便组织内来自不同国家和地区的会员，进行电子交易。
