南宁市国家税务局内设多个部门，这些部门涵盖了税务工作的各个方面，包括行政管理、政策制定、税收征收、纳税服务、财务管理、人事管理、教育培训以及纪检监察等多个职能。以下是部分部门的职责概述：
办公室: 制定年度工作计划，负责机关文电、机要、会务等工作，以及税收宣传、新闻发布、政务公开和维稳等事务。
政策法规科: 负责依法行政、税收政策的制定和执行，处理多税种综合性政策落实和监督工作，参与行政复议和执法过错责任追究。
货物和劳务税科: 主管增值税、消费税等税种的征收管理工作，负责发票管理和稽核检查。
所得税科: 管理企业所得税等征收工作，负责纳税评估和日常管理。
收入核算科: 编制税收计划，监控税收收入，负责税款征收管理和数据分析。
纳税服务科（纳税服务中心）: 组织协调纳税服务工作，处理纳税人事务，包括税务登记、发票管理、纳税申报等。
征收管理科: 负责综合性税收征管，研究和实施税收征管规程，管理税务登记和纳税申报等。
财务管理科: 管理财务、基本建设、采购和审计等工作，确保财务管理监督。
人事科: 负责干部人事管理，包括编制、任免、考核和监督等工作。
教育科: 负责精神文明建设和人员培训，推进系统法制教育。
监察室: 负责纪检监察工作，监督执行党的路线方针和法律法规，查处违法违纪案件。
大企业和国际税务管理科: 提供大型企业税务服务，执行非居民企业所得税征管制度。
进出口税收管理科: 管理进出口贸易税收，执行出口退税政策，配合反骗税工作。
此外，机关党办负责党建工作，离退休干部科则负责机关离退休干部的服务和管理工作。