根据我国《证券法》第四十六条规定，证券交易的收费需合理并公开，收费标准由国务院相关主管机构统一规定。具体操作上，《关于调整证券交易佣金收取标准的通知》提供了指导。
第六条指出，证券公司需要根据自身情况制定佣金收取标准，然后报备至公司注册地的中国证监会派出机构、营业地证监会派出机构、价格主管部门和税务部门，并在营业场所公示。只有在完成备案并公布后，才能执行新的佣金标准。
违反规定，如向投资者违规收费，未及时报备或公布佣金办法，将受到中国证监会和相关部门的查处。证券公司可以根据客户交易量、方式及服务需求的不同设定差异化佣金，但必须确保明确的收费标准，以便投资者在交易前预估成本，保护其权益。
值得注意的是，证券交易佣金在政府定价目录内，制定标准需履行报备手续。只要不违反通知规定，且具备操作性，报备通常可获批准。然而，未履行备案的佣金标准将被视为违规行为，不具法律效力，可能面临罚款甚至停业整顿的处罚。
综上所述，证券公司想要合法实施佣金收取标准，必须遵循向证监会派出机构、税务部门和价格管理部门进行备案并公开的规定。否则，这些标准将无法执行，对投资者也无约束力。
我国现行的证券交易佣金制度，所依据的是2002年5月1日起执行的由中国证券监督管理委员会、国家计委、国家税务总局共同发布的《关于调整证券交易佣金收取标准的通知》，该通知的第一条明确规定 “A股、B股、证券投资基金的交易佣金实行最高上限向下浮动制度，证券公司向客户收取的佣金（包括代收的证券交易监管费和证券交易所手续费等）不得高于证券交易金额的3‰，也不得低于代收的证券交易监管费和证券交易所手续费等。”依据该规定，我国目前所实行的是最高限额内向下浮动的佣金制度，而非完全的佣金自由化。